Игнатий Лойола, Пьер Фавр, Франциск Ксаверий, Альфонсо Сальмерон и Гомес Лайнес поселились в заброшенном монастыре Сан-Пьетро-ин-Вивароло близ Виченцы; проводили время в молитвах и медитации, проповедовали и кормились подаянием. В ноябре 1537 г. Гомес Лайнес вернулся в Рим, где начал преподавать богословие в университете Сапиенца. Вместе с другими последователями Игнатия Лойолы проповедовал в римских церквах, принимал исповедь и давал желающим духовные советы, стремясь привлечь новых сторонников. Весной-летом 1539 г. Гомес Лайнес участвовал в обсуждениях первоначального проекта устава Общества Иисуса, целью которого было служение Богу и католической церкви проповедью и совершением добрых дел, и основных принципов его организации. В июне 1539 г. Гомес Лайнес и Пьер Фавр отправились в Парму для проповеди и привлечения новых членов Ордена; в 1540 г. Гомес Лайнес продолжил эту деятельность в Пьяченце. В начале 1541 г. вместе с другими иезуитами вернулся в Рим, чтобы принять участие в обсуждении орденских конституций (завершено к апрелю 1541 г.) и в выборах генерального настоятеля, которым стал Игнатий Лойола. 24 апреля 1541 г. Гомес Лайнес принёс торжественные обеты. В 1542–1546 гг. вёл проповедническую деятельность в Венеции, Падуе, Брешиа и других итальянских городах. Папа Павел III назначил Гомеса Лайнеса и Альфонсо Сальмерона своими представителями на Тридентском соборе, куда они прибыли в мае 1546 г. Обозначенные в списках участников Собора как секулярные (т.е. не являющиеся членами монашеских Орденов) богословы (theologi saeculares), они имели большое влияние, пользуясь особым покровительством кардинала Марчелло Червини (впоследствии папа Римский Маркелл II). Важное значение имели выступления Гомеса Лайнеса, касавшиеся учений об оправдании и о таинствах и отвергавшие любой компромисс в этих вопросах с протестантами (мнение Гомеса Лайнеса было поддержано участниками Собора). Убедительность трёхчасовой речи Гомеса Лайнеса, направленной против предложенного кардиналом Джироламо Серипандо учения о двойном оправдании (26 октября 1546 г.), оказала решающее влияние на окончательный текст соборного декрета об оправдании, принятый на шестой сессии Собора (13 января 1547 г.). Вместе с Альфонсо Сальмероном Гомес Лайнес участвовал в работе над списком заблуждений протестантов (первая часть этого списка, касавшаяся святых таинств в целом и отрицания таинств крещения и конфирмации, в частности, была представлена 17 января 1547 г.). В апреле-июне 1547 г., после переезда Собора в Болонью, Гомес Лайнес продолжил участие в богословских дискуссиях. 11 июня 1547 г. в заседаниях Тридентского собора был объявлен перерыв на неопределённый срок; Гомес Лайнес, исполняя распоряжение Игнатия Лойолы, покинул Собор и отправился во Флоренцию. Проповеди Гомеса Лайнеса во Флоренции и в соседних городах пользовались огромной популярностью: так, в ноябре 1547 г. проповедь в соборе Санта-Мария-дель-Фьоре собрала более 5 тыс. слушателей.