Как полагают исследователи, уже 22 или 24 июля Фридрих II Штауфен, находившийся в Турине, узнал о вынесенном Лионским собором приговоре. Как сообщает Матвей Парижский, Фридрих II Штауфен короновал себя сам и заявил, что, поскольку папский приговор не может лишить власти величайшего из государей, каждый является свободным от обязательств и клятв. Через два дня после вынесения приговора в Лион прибыли послы императора, однако предоставленные им полномочия уже не потребовались. Сторонники Фридриха II Штауфена пытались оспорить законность вынесенного Собором приговора: говорилось о неправильной форме приглашения императора; отмечалось, что форма его вызова на Лионский собор предусматривала гражданский, а не уголовный характер судебного процесса; отсутствие на Соборе представителей духовенства из Венгрии и Германии давало Фаддею Свесскому повод утверждать, что Лионский собор не являлся вселенским в подлинном смысле этого слова. Однако все попытки Фридриха II Штауфена добиться мирного разрешения конфликта заканчивались неудачей. Папа требовал от низложенного императора безусловного подчинения, Фридрих II Штауфен продолжал настаивать на предварительном снятии церковного отлучения. Иннокентий IV направил нового легата в Германию, пытаясь склонить на свою сторону германских князей-выборщиков и побудить их избрать нового короля, однако в Священной Римской империи низложение Фридриха II Штауфена признали, главным образом, прелаты – главы церковных княжеств. 22 мая 1246 г. они избрали королём ландграфа Тюрингии Генриха Распе, которому отказалась подчиниться большая часть светских князей. После смерти Генриха Распе те же прелаты в присутствии нескольких светских князей избрали королём графа Вильгельма Голландского (декабрь 1247 г.). Постепенно ситуация в Германии стала складываться для династии Штауфенов всё более неблагоприятно: велась проповедь об организации Крестового похода против Фридриха II Штауфена, страна разделилась на два лагеря, почти половина германских земель находилась под папским интердиктом. Не менее сложной оставалась ситуация в Италии, где возросла активность противников императора. Не прекратив попытки начать мирные переговоры, Фридрих II Штауфен вёл открытую борьбу против папы, его церковных и светских сторонников. В августе 1245 г. он издал указ о взимании третьей части доходов духовенства для организации борьбы с Иннокентием IV. Фридрих II Штауфен запретил клирикам и мирянам повиноваться понтифику и его легатам, а также потребовал повторной присяги на верность.