Разряд ливонского похода 1577 г. зафиксировал распоряжения царя об устройстве во всех занятых городах православных храмов. Царь указывал, каким святым и каким праздникам следовало посвятить храмы. Священники этих храмов должны были подчиняться Юрьевскому епископу, а священников и церковную утварь необходимо было прислать из Пскова. Центром этого округа, по мнению исследователей, должен был стать Кокенгаузен (Куконос, ныне Кокнесе), куда следовало прислать восемь священников и восемь диаконов. Сохранившаяся переписка 1577–1578 гг. Городового приказа с воеводами этих городов говорит об усилиях, прилагавшихся для того, чтобы выполнить царские распоряжения, построить храмы и найти для них священников. В писцовой книге 1576/1577 г. упоминается о строительстве церкви в селе Вазичеве Псково-Печерского монастыря около «Нового города немецкого». Упоминается Троицкая церковь в Сыренске. Говорится о том, что клир Воскресенского монастыря в Юрьеве (игумен Никандр) с утварью был переселен в Покровский Озерский монастырь в Псковском уезде. В последние годы Ливонской войны Иван IV Васильевич столкнулся с враждебной коалицией Польско-Литовского государства, Швеции и Крыма, потерпел поражение, и присоединённые белорусские и ливонские земли были потеряны. Существование подчинённой Московской митрополии Полоцкой кафедры прекратилось, когда 30 августа 1579 г. Полоцк сдался после длительной осады армии польского короля Стефана Батория. По сведениям польских хронистов, архиепископ Киприан призывал воевод защищать город, а после сдачи Полоцка король не захотел, по сообщению папского нунция, «и видеть» архиепископа. Сложившееся положение король использовал, чтобы передать созданной в Полоцке коллегии иезуитов земельные владения православных полоцких храмов и монастырей, всего, по сообщению нунция, 60 деревень. Судьбу православного духовенства на ливонских землях определили постановления Ям-Запольского русско-польского договора в 1582 г. Было достигнуто соглашение, что православное духовенство, находившееся в ливонских городах, получит возможность уехать в Россию вместе с иконами и церковной утварью. Для наиболее удалённых городов в бассейне Западной Двины устанавливался крайний срок – 4 марта, но такие центры, как Юрьев (Дерпт) и Феллин, должны были перейти под польскую власть раньше. Сразу после заключения мирного договора командующий польской армией Ян Замойский лично отправился в Дерпт, чтобы удалить оттуда епископа и других русских. В Дерпте также была организована коллегия иезуитов. По русско-шведскому договору 1583 г. в состав Шведского королевства вошли земли Северной Ливонии, ранее занятые русскими войсками, а также такие русские земли, как город Корела (ныне Приозёрск) с уездом и новгородские пригороды – Ям, Копорье и Ивангород. На этих землях оставалось православное духовенство, но возникли сложности в его отношениях со своим духовным главой – Новгородским архиепископом, население этих земель (русские и карелы) стало объектом лютеранской пропаганды.