Занятие русскими войсками территорий на северо-востоке современной Эстонии открыло возможности для развития здесь миссионерской деятельности православного духовенства. Важную роль сыграл игумен Псково-Печерского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Корнилий. Как сообщается в «Повести о начале и основании Печерского монастыря», он «люди Новаго городка ливонскаго, чюдь называемыя, христианской вере научи, и святым крещением просвети, и в них презбитеры и клирики устрои». В деревнях Агеро и Топинна им были построены храмы. В 1560/1561 г. Иван IV Васильевич Грозный пожаловал монастырю обширные земли в этом районе. Состав населения на занятых русскими войсками эстонских землях (их административным центром был взятый в 1558 г. Дерпт (Юрьев)) к началу 1560 гг. заметно изменился. Туда были направлены писцы, производившие раздачу земель русским помещикам. Кроме того, в занятых городах постоянно «годовали» большие группы новгородских помещиков. В тех же городах находились и крупные отряды стрельцов: в 1577 г. в Юрьеве несли службу 560 человек. Для них была создана сеть храмов, и возникла необходимость в церковном центре, который осуществлял бы управление клиром. Вопрос об учреждении на территории Ливонии православной епархии, как полагают исследователи, обсуждался уже в начале 1560 гг. В законченной в это время «Степенной книге» указывалось, что при князе Ярославе Мудром в Юрьеве были православные епископы, подчинявшиеся Киевскому митрополиту, но потом немцы «епископию Юрьевскую от истинного благочестия в латыньское бискупство претворишя». В Новгородской второй летописи отмечено, что 14 октября 1571 г. в Новгород приехал епископ Корнилий «новой с города Юрьева Ливонского» («Полное собрание русских летописей», том 30). Наименование епископа «новым» говорит исследователям о том, что образование кафедры и поставление епископа произошли сравнительно незадолго до этой даты. Судя по преамбуле решений церковного Собора 1580 г., этот епископ именовался как «Юрьевской и Вильянской» (Вильян, Феллин, ныне Вильянди). В августе 1572 г. епископ Корнилий снова побывал в Новгороде, когда там находился царь, дававший, как полагают исследователи, ему указания, как руководить епархией. Кафедральным собором нового епископства стал собор католической кафедры. В городе находились другие православные храмы и мужской монастырь. В преамбуле решений Собора 1580 г. упоминается Корнилий как Юрьевский епископ, но его подписи под текстом нет, а в записи 1578 г. об установлении местного почитания Иосифа (Санина) Волоцкого упоминается Юрьевский епископ Савва. Источники не дают возможности исследователям разрешить это противоречие. Борьба за Ливонию привела в дальнейшем, после падения Ливонского ордена, к войне с Великим княжеством Литовским, и в 1563 г. Иван IV Васильевич предпринял поход на Полоцк.