Впоследствии иммунитет Люксёя от власти архиепископа Безансонского неоднократно подтверждался и уточнялся в папских грамотах XII–XIII вв. В середине XI в. аббат Герард II построил новую монастырскую церковь в романском стиле (сохранились капеллы южного трансепта и несколько резных капителей) и провёл работы в приоратах Аннегре и Фонтен. К XII в. Люксёй был одним из богатейших монастырей Бургундии, обладал крупными земельными владениями в радиусе 50 км от аббатства, ему подчинялись приораты Аннегре, Гранж, Жонвель, Жюсе, Сен-Вальбер, а также около сорока церквей. Однако раньше, как полагают исследователи, монастырские владения были ещё более обширными, т.к. монахи неоднократно вели судебные процессы о возвращении имущества, в прошлом незаконно захваченного другими церковными и светскими сеньорами. Так, в 1120 гг. монахи Люксёя обвинили насельников аббатства Сен-Бенинь в Дижоне в захвате трёх монастырских приоратов; по решению судей, назначенных папой Римским Гонорием II (1124–1130 гг.), им был передан приорат Клермон, но другие обители остались за дижонским аббатством. В этом конфликте Бернард Клервоский выступил против монахов Люксёя, обвинив их в алчности и стяжательстве. Впоследствии, несмотря на имущественные споры, люксёйцы установили дружественные отношения с другими бенедиктинскими монастырями региона (Ремирмон, Люр, Фаверне) и даже поддерживали новые цистерцианские обители (Битен, Ла-Шарите). В 1130 гг. насельники Люксёя воспротивились попыткам Петра Достопочтенного реформировать монастырь и включить его в Клюнийскую конгрегацию. В письмах папе Иннокентию II (1130–1143 гг.) клюнийский аббат указывал на древность и былое величие обители, в которой следовало восстановить соблюдение уставной дисциплины. По словам Гвиберта Ножанского, богатства Люксёя способствовали упадку монашеской жизни в некогда прославленной обители. В то же время папы Римские неоднократно подтверждали привилегии Люксёя и поддерживали власть аббатства над монастырскими приоратами, которые стремились к самостоятельности. В 1123 г. император Генрих V (1111–1125 гг.) подтвердил привилегии Люксёя, сославшись на пожалования короля франков Пипина III Короткого (751–768 гг.), императоров франков Карла Великого (800–814 гг.), Людовика Благочестивого (814–840 гг.) и Лотаря I (795–855 гг.). Впоследствии в Люксёе были сфабрикованы грамоты папы Иоанна IV (640–642 гг.) об освобождении монастыря от епископской юрисдикции и о его подчинении Папскому престолу ещё в VII в., а также грамоты императора Карла Великого с подтверждением владельческих прав обители. В конце XII в. положение Люксёя ухудшилось. Отчасти это было связано с борьбой за власть в Германском королевстве между Филиппом Швабским и Оттоном Брауншвейгским. Знать в Бургундии и Лотарингии пользовалась политической нестабильностью, чтобы устраивать междоусобицы и беспрепятственно грабить церковные земли. Около 1200 г. местные сеньоры, враждовавшие с монахами, подожгли Люксёй; при этом был утрачен монастырский архив. Аббатство вновь сгорело в 1214 г. во время очередной междоусобицы. Некоторые данные указывают на ослабление монашеской дисциплины. Так, папа Римский Иннокентий III (1198–1216 гг.) отказался утвердить аббата Гуго, который к моменту избрания ещё не был монахом (11 января 1199 г.). Насельники Люксёя искали поддержки как у правителей Германии, так и у местных аристократов.