Монастырскую церковь или переносной алтарь, который использовали монахи, освятил епископ Аэд, прибывший, как полгают исследователи, из Ирландии. Во внутренние помещения обители, где жили монахи (septa secretiora), доступ мирянам был закрыт. Когда количество насельников увеличилось, Колумбан основал близ Люксёя другой монастырь – Фонтаны (ныне Фонтен-ле-Люксёй), где, по свидетельству Ионы из Боббио, было 60 монахов. Обоими монастырями управляли препозиты (praepositi). Благодаря строгому уставу, введённому святым Колумбаном, и аскетическому образу жизни монахов Люксёй получил известность как важный духовный центр Галлии. Среди насельников были представители франкской аристократии, например, святой Донат (впоследствии епископ Везонциона). Однако ирландские обычаи, которых придерживался Колумбан, и его отказ от компромиссов в отношениях с франкскими церковными иерархами приводили к конфликтам: основатель Люксёя успешно отстаивал независимость своих монастырей от галльских епископов. В 610 г. Колумбан был изгнан из королевства Бургундия по указанию короля Теодориха II (596–613 гг.) и его бабки королевы Брунхильды; вместе с ним из обители ушли ирландские монахи. Согласно более позднему преданию, некоторые другие монахи во главе со святыми Евстасием (ум. в 629 г.) и Агилом (ум. около 650 г.) временно покинули Бургундию и основали монастырь Вельтенбург в Баварии. В 613 г. Колумбан основал монастырь Бобий (см. Боббио), монахи которого сохранили тесные связи с насельниками Люксёя. С разрешения настоятелей монахи могли переходить из одной обители в другую. Так, Бертульф, ученик Евстасия, перешёл из Люксёя в Бобий по приглашению аббата Атталы и впоследствии стал его преемником. По поручению Бертульфа агиограф Иона из Боббио отправился в Галлию, где собирал сведения для написания «Жития Колумбана». Перед тем как покинуть Люксёй, Колумбан назначил аббатом своего ученика святого Евстасия, который проводил более гибкую политику и со временем благодаря отказу от некоторых ирландских обычаев достиг взаимопонимания с франкскими епископами. При Евстасии в Люксёе произошла смута, вызванная действиями монаха Агрестия, который, заручившись поддержкой ряда франкских церковных иерархов и представителей знати, выступал против монашеской традиции Колумбана. Среди противников аббата Евстасия был майордом Бургундии Варнахарий, пользовавшийся доверием Хлотаря II (король франков в 584–629 гг.). По свидетельству Ионы из Боббио, только внезапная смерть майордома спасла Евстасия от осуждения на Матисконском (Маконском) синоде (626/627 г.). Тем не менее, насельники Люксёя находились под покровительством Хлотаря II. Установив контроль над Бургундией, король послал Евстасия в Италию, чтобы уговорить Колумбана вернуться в Галлию. Святой отказался, но попросил Хлотаря II заботиться о монастыре, и король щедро одарил обитель. До того как Колумбан поссорился с Теодорихом II, монахи Люксёя получали от этого короля не только богатые пожертвования, но и, как полагают исследователи, привилегии. При Хлотаре II аббатство получило большие земельные владения и средства из казны. Грамоты, выданные монастырю королями или епископами, не сохранились.