В XVIII–XIX вв. строение, начавшее разрушаться, укрепляли арками и подпорками. В 1177 г. во главе Заиорданской сеньории встал Рено де Шатильон, энергичный и агрессивный военачальник, на которого хронисты возлагают вину за развязывание войны с мусульманами, принёсшей поражение Иерусалимскому королевству. В любом случае, после установления в Египте власти Салах-ад-Дина и присоединения им Сирии (1174 г.) Южное Заиорданье, разделявшее владения Айюбидов, неизбежно должно было стать объектом постоянных атак мусульманских армий (в 1170, 1173 гг. и др.). В 1183 и 1184 гг. Салах-ад-Дин непродолжительное время осаждал Карак. После разгрома крестоносцев в битве при Хаттине (1187 г.) и завоевания Салах-ад-Дином большей части Палестины заиорданские крепости оказались в глубоком тылу мусульман и сдались одна за другой после продолжительной осады. Карак был захвачен в ноябре 1188 г. По итогам раздела айюбидских земель между наследниками Салах-ад-Дина в 1192 г. Карак отошёл под власть дамасского эмира аль-Адиля, который рассматривал этот замок как возможное убежище и перевёз туда казну. Айюбиды продолжили строительные работы в цитадели, стремясь, прежде всего, исправить повреждения, причинённые предшествующими осадами. Периодически Карак выделялся из дамасского удела в самостоятельный эмират (в 1229–1249 и 1250–1263 гг.). С приходом на Ближний Восток монголов (1260 г.) эмир Карака аль-Муглис Умар объявил им о своей покорности и таким образом сумел сохранить власть. После победы египетских мамлюков над монголами мамлюкский султан Бейбарс захватил остатки айюбидских владений в Сирии. В 1263 г. он вероломно взял в плен аль-Муглиса, а его сыновья сдали Карак мамлюкам. Население города присягнуло на верность Бейбарсу, причём хронисты отдельно упоминают христиан, присягавших на Евангелии. Подобную церемонию исследователи считают уникальной для той эпохи, что свидетельствует о преобладании христиан в Караке. После окончательного изгнания крестоносцев из Палестины и отражения монгольской угрозы на рубеже XIII и XIV вв. Карак утратил военно-стратегическое значение, однако оставался важным административным центром Мамлюкского государства, столицей одной из провинций (мамляка). С эпохи Бейбарса до середины XIV в. в цитадели продолжались активные строительные работы. Мощные укрепления, возведённые Бейбарсом в наиболее уязвимой южной части замка, должны были прикрыть его от обстрела с соседней горы. Старый город был обнесён стеной с башнями. Внутри цитадели был построен дворец небольших размеров, отличающийся очень высоким качеством обработки камня. Карак часто был местом ссылки опальных сановников и низложенных султанов. Так, в конце XIII – начале XIV вв. в Караке дважды пребывал в изгнании молодой султан ан-Насир Мухаммад. После того как ему удалось вернуть власть (1310 г.) при поддержке ряда эмиров, а также бедуинских племён Заиорданья, султан сохранял связи с иорданскими номадами и отправлял сыновей в Карак для приобщения к бедуинским традициям. Старший из них, ан-Насир Ахмад, провёл в Караке большую часть жизни и был тесно связан с местным населением, в том числе с христианами.