Источники единогласно относят собор к числу царских построек: из царской казны шло жалованье причту (наравне с жалованьем причту Верхоспасского собора Кремля); от царя за организацию строительства получили награды руководители Приказа каменных дел С. Глебов и Н. Петров; царская семья сделала вложения в храм (два колокола, в надписи на одном из них, главном, упоминается царь Михаил Фёдорович, царица Евдокия Лукьяновна и их дети; в надписи на втором упоминается только царь; украшенный драгоценностями образ Спасителя с предстоящими преподобным Михаилом Малеиным и свяященномучеником Феодором, тезоименитыми святыми царя Михаила Фёдоровича и его отца патриарха Филарета). В 1649 г., в царствование Алексея Михайловича, по царскому указу позолотили царские двери; по заказу царицы Марии Ильиничны в Оружейной палате сделали серебряную водосвятную чашу. Богатые вклады стали поступать и от частных лиц. В синодике собора (начат при царе Алексее Михайловиче) названы знатнейшие, родовитые бояре (имя князя Д.М. Пожарского не приведено, т.е. Казанский собор оставался исключительно царским). С 1646 г. по начало 1650 гг. царь Алексей Михайлович в празднование «осенней Казанской» обычно стоял в Казанском соборе не только литургию, но и вечерню кануна и всенощное бдение. Алексей Михайлович посещал собор и на «летнюю Казанскую», в первые несколько лет царствования бывал «неотступно у всех праздников» в Казанском соборе, воздвигнутом его отцом и дедом. Он присутствовал на освящении в Казанском соборе нового придела – во имя святителей Гурия и Варсонофия Казанских, которое прошло 3 и 4 октября 1647 г. (4 октября, в день памяти Казанских святителей, царь бывал в приделе до 1649 г., а после рождения первого сына царевича Димитрия 21/22 октября 1649 г. – только 22 октября, на праздновании «осенней Казанской» и памяти равноапостольного Аверкия Иерапольского). В 1660 гг. статус Казанского собора повысился, имена его протопопов писали выше имён протопопов Черниговского и Александровского соборов Кремля и собора Покрова на Рву. В собор ставили видных и близких ко двору священнослужителей. Литургию совершал патриарх или митрополиты, крестные ходы в Казанский собор становились более торжественными. Так, в 1660/1661 г. ход из Успенского собора, состоявший раньше только из действа на Лобном месте и процессии в собор, стал включать проход по стенам города (сначала в оба праздника, с 1678 г. «токмо на Аверкиев день») и пещное действо. Почитание Казанского собора как места чудотворений от Казанской иконы Божьей Матери отражено в популярном в Москве в XVII в. «Сказании о Савве Грудцыне», повествующем о чуде Божией Матери – избавлении грешника Саввы от проклятия во время праздничной («на летнюю Казанскую») литургии в соборе. Казанский собор объединил дворцовое пространство кремлёвских теремов и посадское знатных землевладельцев, простых торговцев и ремесленников. С этим собором связан ряд обычаев городской жизни: здесь приводили московских купцов к очистительной присяге (процедура включала благовест с колокольни); рядом помещалась «яма» (тюрьма для должников) и стояли искавшие службы подьячие «от Казанской». У Казанского собора пересекались две центральные улицы, и кипела торговая жизнь главной площади, встречали послов; в 1687/1688 гг. вблизи собора построили род батареи («раскат») с двумя пушками; в северо-западном углу церковного участка традиционно торговали церковной утварью, книгами, гравированными изображениями религиозной тематики.