В рецензии на это сочинение Митрофан Дмитриевич Муретов, высоко оценивая всесторонний характер проведённого исследования, отмечал, что исключительная сосредоточенность автора на полемико-апологетической задаче вводит в сочинение «некоторую односторонность» и «монотонность» изложения. Сочинение «История религии...» отражало появление в конце XIX – начале XX вв. самостоятельной научной области, которую раньше рассматривали как часть богословия, этнографии или общей истории. В начале XX в. профессорами богословия российских университетов было написано несколько фундаментальных исследований по истории и философии религий. В своём труде А.М. Клитин, прежде всего, рассматривал философские и методологические проблемы, уделяя основное внимание выяснению внутреннего смысла религии путём филологического анализа терминов, используемых в разных языках. Основная часть монографии делится на очерк религий «некультурных народов» – кельтов, германцев, славян, народов Азии, Африки, Америки и Австралии и очерк религий «культурных народов» семитической группы – ассиро-вавилонян, финикийцев, сирийцев, хеттеев, арабов, египтян, евреев. Рецензенты, с одной стороны, признали вклад проведённого исследования в развитие новой области науки и отметили обстоятельность изложения и научно-академический подход к материалу; с другой стороны, высказали критические замечания относительно классификации религий на «откровенные и естественные, истинные и ложные». Они обратили внимание на некоторые выражения и идеи А.М. Клитина, некритически заимствованные у западных богословов; на плохое знание новейшей историографии, особенно истории религий «некультурных народов»; на несовпадение предложенной датировки истории семитических народов с традиционной библейской хронологией. Кроме того, указали автору на недостаточную осведомлённость в проблемах библейской текстологии, исагогики и в транскрипции еврейских слов, а также отметили «поверхностное отношение к сложным библиологическим проблемам». А.М. Клитин писал о состоянии науки, культуры, общества в начале XX в.; по его мнению, достижения в естественнонаучных областях делают, несмотря на их значение, науку «односторонне-практической, чувственной, эгоистически-себялюбивой». Следствием этого процесса А.М. Клитин считал радикальные изменения, происходившие в культуре и обществе, которые противоречат истинному христианству: «Дух злобы и коварства» ведёт культуру «к открытиям царств земных и приобретению их богатств». Противостоять этому процессу, с точки зрения А.М. Клитина, может только христианство, причём особая роль в этом должна принадлежать РПЦ: на рубеже веков она приобрела высокий авторитет не только в православном мире, но и среди других христианских конфессий. Этому противостоянию могло способствовать как признание в русском образованном обществе важности духовной жизни, так и развитие церковноприходских школ.