Указом Синода от 12 мая ходатайство Совета Московской духовной академии об утверждении А.М. Клитина в докторской степени было отклонено на основании того, что «в отзывах академических рецензентов профессора Сергея Глаголева и экстраординарного профессора священника Евгения Воронцова об означенной книге устанавливается неосведомлённость автора в предмете и указываются только его ошибки и погрешности против вероисповедных и научно-богословских аксиом» («Журналы собраний Совета Московской духовной академии за 1912 г.). В апреле 1919 г., после упразднения кафедры богословия, А.М. Клитин был уволен из Новороссийского университета. Несмотря на желание нового университетского начальства оставить его преподавателем, отказался дать подписку о согласии служить советской власти. Дальнейшая его судьба исследователям неизвестна: исследователи полагают, что А.М. Клитин погиб при повторном взятии Одессы войсками Красной Армии или в результате карательных операций в конце 1919 г. Магистерская диссертация А.М. Клитина «Подлинность посланий святого апостола Павла к Тимофею и Титу» построена в апологетическом ключе и направлена как против критики пастырских посланий в протестантской богословской науке XIX в., так и против «еретического учения о всеобщности священства», представленного в отдельных течениях протестантизма южнорусского штундизма. На основании трудов протестантских богословов А.М. Клитин выделяет шесть основных положений критики пастырских посланий, посвящая их опровержению отдельную главу: 1) автор и адресаты посланий занимают искусственное, противоречащее истории положение; 2) указываемые в посланиях исторические обстоятельства не позволяют отнести их к какому-либо периоду жизни апостола Павла; 3) стиль пастырских посланий не соотносится со стилем других посланий апостола Павла; 4) лжеучение, обличаемое в посланиях, есть гностицизм II в.; 5) догматическое и нравственное учение посланий изложено церковным языком постапостольского периода; 6) устройство церкви, описанное в посланиях, является монархическо-иерархическим, характерным для II в. Критически разобрав выделенные положения, А.М. Клитин приводит свидетельства ранних отцов церкви (прежде всего, из сочинений апостольских мужей и апологетов посланий апостола Павла) о подлинности пастырских посланий, которые стали основой аргументации А.М. Клитина в защиту аутентичности новозаветных текстов. А.М. Клитин широко использует параллельные места Библии, демонстрируя укоренённость тем посланий апостола Павла в библейском богословии.