В одном из интервью А.В. Кураев поставил гомосексуальность в один ряд с наркоманией, назвав послабления в отношении обоих вопросов «ликами культуры смерти». В январе 2008 г. А.В. Кураев обратился к Дмитрию Анатольевичу Медведеву с требованием дать оценку новогодним программам канала НТВ, которые якобы были полны «гомосексуальных ужимок» и «девушек-топлесс», подчеркнув, что если обращение останется без ответа, «будет трудно не считать, что подлинно любимым Вашим „нацпроектом“ является растление молодёжи вообще и пропаганда гомосексуализма в частности». В 2007 г. А.В. Кураев сказал, что церковь должна помогать «бороться с собой» тем геям, которые признают свою ориентацию грехом и проблемой, в то время как остальные гомосексуалы для православной церкви, по его мнению, «вообще сволочи». В 2011 г., размышляя о необходимости присутствия священников в выборных органах власти, А.В. Кураев заявил, что если в России, например, появится партия, отстаивающая права сексуальных меньшинств, и другие политики не смогут выступить против, это придётся сделать представителям церкви.В октябре 2013 г. после очередного заседания Священного Синода А.В. Кураев написал в своём блоге о наличии в Русской православной церкви «голубых» архиереев. Затем в декабре 2013 г. – начале 2014 г. А.В. Кураев активно высказывался о наличии влиятельного «голубого лобби» в Русской православной церкви. В одном из январских телеинтервью он заявил: «Вопрос в том, что где-то в 60-х годах один из самых прямых карьерных путей был связан, к сожалению, с вот такой уступчивостью по отношению к некоторым, – весьма и весьма, – власть имеющим епископам. И, в результате, сложилось такое вот лобби. Это не означает, что все епископы таковы, нет. Их меньшинство. Может быть, 50 человек из 360 наших епископов. Но беда в том, что остальные – запуганы, остальные – молчат. Лобби – это не те, кто что-то совершает, это те, кто молчат и покровительствуют. Сначала А.В. Кураев сообщил о проведённой в декабре 2013 г. проверке инспекции Учебного комитета Русской православной церкви в Казанской духовной семинарии, связанной с жалобами студентов семинарии на сексуальные домогательства и изнасилования со стороны руководства семинарии. По итогам работы этой непубличной комиссии факты нашли подтверждение, а проректор семинарии, пресс-секретарь Татарстанской митрополии игумен Кирилл (Илюхин) уволился по собственному желанию, но позднее был обнаружен в сане и на аналогичной должности в Тверской епархии, правящий архиерей которой Виктор (Олейник) вместе с казанским правящим архиереем Анастасием (Меткиным) позднее также был изобличён А.В. Кураевым как «гомоиерарх». Казанский правящий архиерей после комиссии протоиерея Максима Евгеньевича Козлова отругал семинаристов и назвал их жалобу «предательством епархии». По предположениям А.В. Кураева, «голубое лобби» с советских времён при помощи КГБ, а потом самостоятельно сумело продвинуть с самых нижних церковных ступеней в епископат 40 % (около 40 человек) «гомоиерархов», при этом из остальных многие их покрывают. После публикации в открытых СМИ слов А.В. Кураева о «голубом лобби» он был уволен из Московской духовной академии (МДА) за «эпатажные высказывания».