Как отмечает Николай Иванович Суворов, царь давал Киприану жалованные грамоты на архиерейские вотчины, но эти документы исследователям неизвестны. В декабре 1547 г. Киприан в числе других архиереев поручился перед Иваном IV Васильевичем за князя Ивана Ивановича Пронского (Турунтая). 11 октября 1547 г. Киприан дал жалованную грамоту игумену Кириллова Белозерского в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря Афанасию (Палецкому), освобождающую обитель от владычных податей и различных пошлин с приписного к ней храма во имя великомученика Георгия в селе Усове в Масленском стане в Окологодной десятине; 27 мая 1558 г. Киприан подтвердил эту грамоту игумену Матфею (1555–1559 гг.) («Акты археологической экспедиции», том 1). В поздних описях упоминается жалованная грамота, данная Киприаном в 1546/1547 г. Григориеву Пельшемскому Лопотову в честь Собора Пресвятой Богородицы монастырю (по мнению исследователей, аналогичная грамоте Кириллову Белозерскому монастырю). 20 сентября 1554 г. иерарх освободил своей жалованной грамотой Ильинский храм на Мезени в Глотовской слободе Яренского уеззда от уплаты пошлин. Рукоположив во иерея Евдокима Логинова, он дал ему 2 апреля 1556 г. ставленую грамоту («Русская историческая библиотека», том 32). Исследователям известен вклад святителя в Троице-Сергиев монастырь: 28 марта 1550 г. «владыка Киприан Вологоцкий и Великопермский дал вкладу денег 50 рублев». Киприан упоминается в Житии преподобного Геннадия Любимоградского (ум.  в 1565 г.), где говорится о беседе святого с епископом и о болезни архиерея в последние годы жизни. По Житию, преподобный Геннадий посетил Киприана в Вологде около 1554 г., после чего архиерей прожил около пяти лет. Вычегодско-Вымская летопись (конец XVI – начало XVII вв.) относит кончину Киприана к 1560 г. Епископ был погребён в церкви Воскресения Христова на Ленивой площадке в Вологде, на архиерейском подворье. Перезахоронен в новопостроенном кафедральном Софийском соборе Вологды, «на левой стороне, на первом месте от северных дверей собора». До 1848 г. над гробницей была надпись: «Великий господин Преосвященный епископ Киприан Вологодский перенесён из старыя соборныя церкви древяныя, что возле Ленивого торгу и епископля старого двора, и погребён на сем месте». Изображение Киприана представлено на миниатюре в Лицевом летописном своде 1570 гг., иллюстрирующей его поставление епископом Великопермским и Вологодским (Царственная книга; Исторический музей). Он изображён как старец с недлинной округлой бородой, склонившийся перед благословляющим его митрополитом Макарием (руки Киприана покрыты фелонью).