В последние годы архиепископства престарелого Хрисанфа, который из-за болезни не мог двигаться, Киприан сосредоточил в своих руках фактическое управление Кипрской церковью. Многие греки-киприоты были недовольны, что Пафосскую и Китийскую митрополичьи кафедры занимали два племянника архиепископа, которые также именовались Хрисанфами. В мае 1810 г. султан отдал распоряжение отправить в ссылку архиепископа и митрополита Китийского. Традиционно исследователи считали Киприана виновником смещения архиепископа, однако К. Коккинофтас, проанализировав многолетние связи Киприана с семьёй Хрисанфа, продолжавшиеся и после его ссылки, опроверг эти обвинения. 1 сентября (по другим сведениям, 1 октября) 1810 г. архиепископ Хрисанф скончался на острове Эвбея. Султан назначил Киприана предстоятелем Кипрской церкви, 30 октября 1810 г. он был хиротонисан прибывшим на Кипр Синайским архиепископом Констанцием II с одобрения Константинопольского патриарха. Одной из задач нового архиепископа стала выплата долга архиепископии. Несмотря на сложное экономическое положение, Киприан выделял средства для основанной им в 1811–1812 гг. «Греческой школы» в Никосии и в 1819 г. обязался ежегодно выплачивать по 500 гроссов школе в Лимасоле. В 1813 г. он подарил Махерасскому монастырю поместье в Тимву и владения в селении Прастио на равнине Месаория. Киприан также оказывал помощь и другим обителям, например, Киккскому монастырю после пожара 1813 г., монастырю преподобного Неофита Затворника близ Пафоса и монастырю апостола Варнавы близ Фамагусты. Одна из энциклик Киприана посвящена отлучению от церкви масонов (2 февраля 1815 г.). В 1820–1821 гг. по заказу Киприана были изготовлены сотни икон мученика Трифона и переданы в церкви районов, наиболее страдающих от нашествий саранчи. В настоящее время сохранилось больше сотни таких икон. Исследователям известно, что и Киприан занимался иконописанием. Киприан поддерживал связи с членами «Дружеского общества», в октябре 1820 г. Александр Ипсиланти предупредил архиепископа о скором начале восстания, однако тот считал киприотов не готовыми к вооружённой борьбе. Тем не менее, он обещал материальную помощь «Дружескому обществу». Киприан не имел отношения к распространению на острове воззваний повстанцев, которым занимался его племянник архимандрит Феофилакт (Фисевс), и к перевозке пороха. В 1821 г. в энциклике от 22 апреля Киприан призвал киприотов подчиниться требованию турецких властей сдать оружие, а в энциклике от 16 мая – быть крайне осмотрительными в своих поступках, чтобы не вызвать репрессии. Несмотря на отсутствие предпосылок вооружённого восстания на Кипре, наместник острова Кючюк-Мехмет принял жестокие меры против христианского населения и составил список 486 греков-киприотов, которых считал целесообразным казнить.