Присоединение Белоруссии и Украины, по мнению М.И. Кояловича, возродило былое единство восточных славян, благодаря которому воскресла «народная русская сила», сбросившая «с поразительной лёгкостью не только государственное, но и духовное польское иго». Отмечая положительное значение воссоединения восточнославянских (русских) земель в «единой вере и державности» в результате разделов Речи Посполитой, М.И. Коялович был противником уничтожения государственной самостоятельности «этнографической» Польши. Вместе с тем он осуждал взгляды той реакционной части польского общества, а также окатоличенной западнорусской знати, которые выступали за поглощение Белоруссии и Украины. Весь смысл польской цивилизации на этих землях, по мнению М.И. Кояловича, заключался в желании обогатиться за чужой счёт и превратить «западнорусов» в «состояние грубой массы, которая должна была служить чужому государственному идеалу». М.И. Коялович высказывал горькое сожаление по поводу жестокой расплаты «западнорусов» за союз с Польшей, т.к. «в этом союзе сформировалось немало людей, испорченных Польшей и тянувших к ней назад». Тяготея к общерусскому историко-культурному наследию, М.И. Коялович благоговейно относился к местным обычаям, языку, фольклору, ратуя за их бережное очищение от чуждых заимствований. Духовное возрождение «Западно-Русского края» М.И. Коялович связывал со строительством здесь православных храмов, восстановлением и укреплением православных братств, открытием церковноприходских школ одновременно с развитием светского образования. По мнению исследователей, М.И. Коялович внёс значительный вклад в выявление и издание источников по истории Белоруссии и Литвы; опубликовал «Историческое исследование о Западной России, служащее предисловием к документам, объясняющим историю Западно-Русского края и его отношения к России и Польше» (СПб., 1865 г.), «Дневник последнего похода Стефана Батория на Россию…» (СПб., 1867 г.), «Памятники, относящиеся к Смутному времени» (в книге: «Русская историческая библиотека», 1872 г., том 1) и др. В последние годы жизни М.И. Коялович занимался подготовкой к изданию писем и донесений иезуитов о России конца XVII – начала XVIII вв. (опубликовано в 1904 г.). М.И. Коялович призывал к изучению славянского мира, развитию межславянских связей, объединению всех славян под знаменем единства славянской культуры и православия. Однако к панславистским политическим проектам он относился скептически, полагая, что возможности ассимиляции чуждых элементов каждой культурой неизбежно ограничены. Главный, итоговый, труд М.И. Кояловича – «История русского самосознания по историческим памятникам и научным сочинениям» (1884 г., последнее издание 2011 г.). В нём он показал связь и преемственность различных научных школ и направлений в развитии русского научного сознания по отношению к своему историческому прошлому. Эта монография, будучи первым комплексным обобщающим исследованием по истории русской исторической науки, вызвала большой общественный резонанс. Активная публицистическая деятельность М.И. Кояловича получила противоречивые оценки Александра Ивановича Герцена, Ивана Сергеевича Аксакова, Фёдора Михайловича Достоевского и др. Под влиянием воззрений М.И. Кояловича сформировались общественное течение и историческая школа, получившие впоследствии название «западно-русизм». Среди учеников М.И. Кояловича были исследователи истории Белоруссии и России: Платон Николаевич Жукович, Юлиан Фомич Крачковский, Григорий Яковлевич Киприанович, Иван Антонович Котович, Стефан Григорьевич Рункевич, Антон Семёнович Будилович, Константин Васильевич Харлампович, О.В. Щербицкий, Е.Ф. Орловский.