Но дело с получением магистерской степени не имело положительного результата. Следующим серьёзным «ударом» для Н.Н. Корсунского стал отказ правящего архиерея выделить деньги на издание к 150-летию Ярославской духовной семинарии (в 1898 г.) сборника материалов по её истории. Эти материалы Н.Н. Корсунский собирал на протяжении нескольких лет лично или через своих бывших учеников не только в архивах и книгохранилищах, но и по сёлам, в домах духовенства. Едва выслужив 30-летний срок, Н.Н. Корсунский в 1899 г. ушёл в отставку (потеря сферы деятельности и семейные проблемы привели его к скорой кончине). Литературное наследие Н.Н. Корсунского невелико: основную часть составляют переводы сочинений Оригена «О молитве», «Увещание к мученичеству» и Климента Александрийского «Увещание к эллинам», «Педагог» и «Строматы». Переводы древних авторов он считал самым главным делом на современном ему этапе развития русского богословия. Кроме переводов перу Н.Н. Корсунского принадлежит ряд толкований на отдельные книги и фрагменты Священного Писания, часть из них подписана (иногда с ошибкой в инициале: М.К.), часть была опубликована анонимно. Наиболее значимыми из этих работ являются толкования пророчеств о Мессии в Книге пророка Исаии и Псалтири, опубликованные в «Ярославских епархиальных ведомостях» в 1871–1872 гг. Толкования построены преимущественно на рассмотрении новозаветного исполнения мессианских пророчеств. Кроме того, Н.Н. Корсунский сравнивает ветхозаветные толкования св. отцов и учителей церкви ранних веков (II–V вв.), как греческих, так и латинских, приходя к выводу о практически единогласном мнении древней церкви о значении мессианских пророчеств. Мнения «современных иудейских и рационалистических толкователей» Н.Н. Корсунский привлекает, в основном, для того, чтобы показать, в чём они расходятся с новозаветным пониманием ветхозаветных пророчеств. Наконец, внимание современников привлекло изложение преподавательского опыта Н.Н. Корсунского в виде «речей из учебной практики» в 1876 г. Поводом к их выпуску стала дискуссия о преподавании древних языков в духовной школе. В связи с актуальностью темы труд был переиздан через десять лет.