Она описана путешественником, побывавшим в Корнилиевой пустыни в начале XX в.: «Одноглавая, деревянная, крытая подобно избе на два ската, походит более на часовню или крестьянский амбар, чем на храм. Вход в неё с севера, алтарь ниже самого храма и прирублен, приставлен к храму сбоку; окна маленькие «волоковые», размещены подобно нотам в октоихе – то выше одно другого, то ниже» («Олонецкие губернские ведомости», 1906 г.). Грамота 1600 г. освободила Паданскую пустынь от государевых податей. Монастырь не владел крестьянскими дворами и относился к числу небольших бедных северных обителей. Описание скромного внутреннего убранства храмов содержится в писцовой книге 1628–1629 гг. (частично опубликованы: «Олонецкие губернские ведомости», 1850 г.). В Никольской церкви писцы отметили только два образа святителя Николая с богатым украшением, одна из этих икон была вкладом старца Моисея из Александрова Свирского монастыря. Никаких драгоценных вещей, кроме двух «благословящих» крестов («один обложен серебром, а другой – медью»), не имелось. Церковные сосуды были оловянными и деревянными (возможно, ими пользовался ещё Корнилий), на престолах – полотняные покровцы и воздухи, «благословящие» кресты, обложенные железом. В церкви, находившейся «за монастырём, в роще», хранились церковные книги и облачения из самых простых тканей – полотна, выбойки и крашенины. Среди книг отмечены вклады игумена Дионисия из Александрова Свирского монастыря, игумена Илии (настоятель московского в честь Богоявления монастыря в 1621–1637 гг.), игумана Пимена (настоятель московского во имя святителя Иоанна Златоуста монастыря в 1624–1631 гг.), что говорит об известности Корнилиевой пустыни. В 1676 г. была перестроена и вновь освящена Никольская церковь, в 1688 г. обновлена и освящена церковь во имя преподобного Александра Свирского (об этом сообщалось в надписи на деревянном кресте, который в XIX – начале XX вв. хранился в Винницком приходе Лодейнопольского уезда, храм сгорел в начале XIX в.). В 1723 г. Корнилиеву пустынь из-за «малобратства» приписали к Александрову Свирскому монастырю, в ходе секуляризационной реформы 1764 г. упразднили, долгое время здесь никто не служил. Согласно донесению консистории, в 1788 г. для богослужения в праздничные дни был «определён входящим Чикозерской выставки священник Матфей Леонтьев» (Государственный архив Архангельской области). В 1789–1791 гг. в бывшей пустыни жил священник Григорий Еремеев. Позднее она была приписана к соседнему (в семи верстах), Винницкому приходу, где за несколько лет до этого сгорели свои церкви. Никольский храм перенесли в Винницы и служили в нём до 1873 г.; в обновлённом виде церковь получила посвящение в честь Смоленской иконы Божьей Матери (в память мученической кончины российского императора Александра II). В Паданскую пустынь к могиле Корнилия продолжали прибывать паломники не только из сёл и деревень Лодейнопольского уезда (Винницкого, Немжинского, Озерского, Ярославского, Согинского, Чикозерского приходов), но и из Санкт-Петербурга.