«Походы» царя в Коломенское в сопровождении думных и ближних людей были особой процедурой, в которой участвовали «походные» стольники и стряпчие, допущенные к руке государя московские чины подавали челобитные; следовали назначения и награждения. Именно поэтому в XVII в. Коломенское не раз становилось ареной социальной борьбы. В июне 1648 г., во время Соляного бунта, в церквах Коломенского солдаты хранили деньги и оружие, в дни Медного бунта (1662 г.) в Коломенское явились москвичи требовать от царя изменений в денежной политике, но были рассеяны войсками. Коломенское играло важную роль в начале правления царя Петра Алексеевича: он рос и подолгу жил в Коломенском. На окрестных полях разворачивались его потешные полки, проводились манёвры, на реке появились первые корабли. Даже после начала строительства Санкт-Петербурга царь Пётр Алексеевич не оставил забот о родительском дворце. В 1722 г. он отдал распоряжение укрепить его, в 1724 г. обновили дворцовый фундамент. Преемницы Петра также посещали Коломенское. Особенно полюбила Коломенское императрица Екатерина II. После разборки старого дворца (по распоряжению 1767 г.) она приказала возвести новый, в духе классицизма. Он находился над рекой с северной стороны от церкви в честь Вознесения Господня. В эпоху императора Александра I дворец отстроили заново на прежнем месте (в 1825 г. по проекту архитектора Евграфа Дмитриевича Тюрина; сохранился Дворцовый павильон). В XIX в. Коломенское постепенно превратилось в район сельскохозяйственного производства для быстро растущей Москвы (фрукты, ягоды и овощи поставляли в город в промышленном масштабе). В XVIII в. зародилось, а в XIX в. быстро развивалось представление о Коломенском как о колыбели Московского царства и Российской империи, складывались легенды, свойственные эпохе романтизма: рассказы о дубовой роще князя Дмитрия Донского, о троне царя Василия III, о «столбе для челобитных» царя Алексея Михайловича, о рождении в Коломенском Петра I, о составлении императрицей Екатериной II «Наказа» для комиссии об Уложении, о дереве императора Александра I, о «библиотеке Ивана Грозного» и др. Архитектурные постройки начали реставрировать, последний большой проект перестройки дворцов составлен в эпоху императора Николая I. С реставрацией и исследованием церквей и дворцовых построек Коломенского связаны имена русских учёных и архитекторов Ивана Егоровича Забелина, Е.Д. Тюрина, Бориса Николаевича Засыпкина, Петра Дмитриевича Барановского, Георгия Павловича Гольца, Николая Николаевича Свешникова, Михаила Андреевича Ильина. Новый этап в истории Коломенского наступил после 1917 г. В 1923 г. П.Д. Барановский организовал в Коломенском музей, который превратился в архитектурный заповедник. Здесь сохранялись ещё стоявшие памятники, в Коломенское свозили детали из разрушенных храмов Москвы и других городов: например, белокаменные рельефы церкви святителя Николая «Большой Крест», Сухаревой башни, Львиных ворот в Кремле, каменные и целые деревянные постройки (Медоварня, XVII в., из бывшего села Преображенского, Моховая башня Сумского острога, XVII в., «Домик» Петра I, XVIII в., из-под Архангельска).