Однако с конца 1630 гг. цари династии Романовых возобновили посещения Коломенского. К осени 1640 г. в Коломенском на новом месте строятся царские хоромы, каменная ограда, службы Государева двора (Кормовой двор), деревянный дворец (в основном, 1670–1680 гг.). Для частных богослужений царской семьи ставят домашнюю церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери. Для этой церкви в 1651 г. патриарх Иосиф дал три антиминса: на престолы в честь Казанской иконы Божьей Матери, святителя Аверкия Иерапольского и великомученика Димитрия Солунского. В 1653 г. церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери и церковь в честь Вознесения Господня уравняли в статусе. С 1630 гг. источники упоминают имена клира (поп Никита, попы Михайло Афанасьев, Гаврило Михайлов, Артемий и Давыд Мартыновы, диакон Демид Мартынов, пономари Федоско Алексеев и Гришко Фёдоров, просвирница Анна Петрова), говорится об их земельных владениях, где стояли дворы прижившихся бобылей. С причта в патриаршую казну до 1650 г. брали дань по числу приходских дворов (к середине XVII в. в Коломенском считалось «крестьян и бобылей 52 двора»), четям церковной земли и сенных покосов, но после 30-летней переписки, к 1680 г., выяснилось, что земля церкви «взята в государеву десятинную пашню, а попы с причётники живут на руге». Таким образом, в XVIII в. приходская жизнь сосредоточилась вокруг церкви села Дьякова, а церкви Коломенского сохраняли исключительно дворцовый статус. Цари Алексей Михайлович и Фёдор Алексеевич особенно любили Коломенское, ценили художественное оформление двора. В Коломенском постоянно работали строители, художники и другие мастера. Царь Фёдор Алексеевич посещал Коломенское чаще других сёл, любил праздник Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, когда на Москве-реке готовили «Иорданную сень». Царские «коломенские походы» следовали церковному календарю и порядку церковных служб. Жизнь в Коломенском была скромнее и свободнее, чем в Кремле, царь был доступнее для семьи и ближнего круга. Со второй половины XVII в. Коломенское не только место летнего отдыха, но и своего рода «летний Кремль». Здесь царь принимал послов, представлял ко двору высших офицеров (особенно иностранцев), проводил воинские смотры. Дворцовая усадьба также выполняла функции царской приёмной: местное духовенство и земские дьячки, имевшие доступ во дворец, помогали составлять, писать и подавать челобитные, давали приют ходокам.