С сентября 1941 г., после захвата Козельщины немецкими войсками, в монастырском соборе размещался главный штаб первой танковой группы оккупантов. По мнению исследователей, в конце того же года Козельщинский монастырь был открыт, настоятельницей стала монахиня Феофания (Зонова), проживавшая после ссылки в городе Кременчуг. 23 декабря 1942 г. Полтавский и Кременчугский епископ Вениамин (Новицкий) возвёл монахиню Феофанию (Зонову) в сан игуменьи. В обитель перенесли список с Козельщанской иконы. Насельницам передали часть келейного корпуса с Преображенской церкви, в которой с зимы 1942/1943 гг. совершались богослужения. В левой части корпуса размещалась Козельщинская общеобразовательная школа. В период оккупации в Козельщинском монастыре проживали до сотни послушниц и монахинь. По воспоминаниям очевидцев, молодые девушки приходили в обитель, чтобы избежать вывоза на каторжные работы в Германию. 25 сентября 1943 г. Козельщина была освобождена от немецко-фашистских захватчиков. Некоторое время в монастырском корпусе располагались и кельи сестёр, и классы Козельщинской средней школы. 9 февраля 1949 г. Исполнительный комитет Полтавского облсовета депутатов решил «просить Совет Министров УССР» о закрытии монастыря. 22 апреля того же года Совет Министров УССР принял постановление «об освобождении помещений Козельщанской средней школы Полтавской области, занятых монахинями под монастырь». 2 июня, в день праздника Вознесения Господня, Козельщинский монастырь был закрыт, игуменью Феофанию (Зонову) и большую часть сестёр переселили в женский Лебединский монастырь Николая Чудотворца. Здесь инокини хранили чтимый список с Козельщанского образа. Когда в 1960 гг. Лебединская обитель была закрыта, монахини перевезли икону в Красногорский Покровский монастырь. Несколько козельщинских сестёр проживали и в полтавской Крестовоздвиженской обители. Помещение Богородице-Рождественского храма Козельщинского монастыря было передано совхозу. Считается, что собор сохранился от разрушения благодаря заступничеству Фёдора Трофимовича Моргуна, первого секретаря Полтавского обкома Украины. 6 марта 1990 г., в день празднования Козельщанской иконе, в Богородице-Рождественском соборе впервые после закрытия Козельщинского монастыря состоялось богослужение, которое возглавил благочинный Кременчугского округа протоиерей Пётр Кучерук. Настоятелем храма был назначен священник Пётр Дурко. В 1992 г. при содействии архимандрита Антония (Кузнецова), знавшего игуменью Феофанию (Зонову), в Козельщинский монастырь прибыли козельщинские насельницы, выжившие после репрессий 1930 гг.; старшей сестрой новооткрывшейся общины назначена монахиня Ираида (Кравцова). Гомельский епископ Аристарх (Станкевич) и архимандрит Антоний пожертвовали общине церковную утварь. В том же году по инициативе благочинного Кременчугского округа, в составе которого были приходы Козельщинского района, община получила статус монастыря. Осенью 1992 г. монахиня Ираида (Кравцова) была возведена в сан игуменьи. После кончины 22 июня 1996 г. игуменьи Ираиды (Кравцовой) Козельщинский монастырь возглавила игуменья Серафима (Новомодная; с 2005 г. – на покое; ум. в 2011 г.), в августе 2005 г. – игуменья Варсонофия (Семенюк). Считается, что чудотворная Козельщанская икона после 1932 г. была вывезена игуменьей Олимпиадой II (Вербецкой) из закрытого Козельщинского монастыря, затем хранилась в домах верующих. 23 февраля 1993 г. чудотворная икона (или её список) была возвращена в обитель. К 2014 г. были восстановлены Богородице-Рождественский собор, Преображенская церковь и другие монастырские постройки.