Преображенский храм примыкал к центру восточного фасада келейного корпуса, основная его часть высокая, с двухъярусными фасадами, в плане представляет собой равноконечный крест; в углах этого креста – одноярусные пристройки, приближающие общий план сооружения к квадрату; приделы храма расположены в двух западных пристройках, и входы в них сделаны прямо из корпуса. В 1888 г. при общине основана иконописная школа, первым учителем которой стал мастер Г.М. Глущенко, крестьянин из деревни Карловка Кобелякского уезда Полтавской губернии. Одновременно устроили двухклассную церковноприходскую женскую школу с библиотекой. К концу XIX в. в школе обучались около 60 человек; при ней имелось общежитие на 30 девочек; бедные дети и сироты состояли на полном содержании общины. В школе помимо общеобразовательных предметов девочкам преподавали основы кулинарии, рукоделие и рисование. 17 октября 1888 г. монахиня Олимпиада ходатайствовала перед епископом Иларионом (Юшеновым) об учреждении при обители одноклассной церковноприходской школы для мальчиков – в «ознаменование особенной милости Божией, сохранившей жизнь» императора Александра III с семьёй при крушении поезда на станции Борки. 21 ноября того же года епископ Иларион (Юшенов) прибыл в Козельщинский монастырь на открытие мужской школы, назначив законоучителем священника. Указом Синода от 31 октября 1890 г. община была возведена в степень нештатного общежительного монастыря «с оставлением при нём причта в составе трёх священников, двух диаконов и двух псаломщиков». 17 февраля 1891 г. состоялось торжественное открытие Козельщинского монастыря, литургию и водосвятный молебен возглавил Полтавский епископ Иларион (Юшенов) в сослужении полтавского архимандрита Виталия, шести протоиереев, трёх священников, двух иеромонахов. Среди гостей были настоятельницы Белгородского девичьего монастыря игуменья Людмила, Орловского женского монастыря игуменья Моисея, а также Красногорского Иоанно-Богословского монастыря игуменья Олимпиада, первая начальница Козельщинской общины. Первой настоятельницей Козельщинского монастыря стала игуменья Агния (Щербачова Александра Николаевна), которой раньше митрополит Московский и Коломенский Филарет (Дроздов) предсказал: «Будет игумениею». К 1891 г. в обители проживали больше сотни сестёр. Вскоре Козельщинский монастырь возглавила игуменья Олимпиада I (Дмитриева), бывшая настоятельница Красногорского монастыря. Козельщинский монастырь располагал капиталом в 50 тыс. руб., собранным и переданным графом Капнистом, и 80 десятинами 1850 кв. саженями пахотной и усадебной земли, подаренными его супругой. В том же году монастырю был пожалован хутор с 20 десятинами земли. В начале XX в. недалеко от Козельщинского монастыря, в Кременчугском уезде, на берегу реки Псёл, находилась монастырская дача-скит Обиток (Обиточек) с церковью в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» (близ местечка Потоки Кременчугского уезда Полтавской губернии). В скиту проживали около 15 сестёр. 25 июля 1900 г. было освящено место для постройки каменного монастырского собора, 10 октября того же года епископ Иларион (Юшенов) совершил его закладку (автор проекта – полтавский епархиальный архитектор Сергей Васильевич Носов). Работами по строительству храма руководил подрядчик В. Таранушенко. Из Кременчуга по железной дороге доставили серый гранит для фундамента, из Москвы – кровельное листовое железо.