Со времени основания Корельский монастырь входил в Новгородскую епархию. В 1571 г., когда Новгород и его архиепископ подверглись опале царя Ивана IV Васильевича Грозного, значительная часть Поморья (земли по рекам Вага и Северная Двина, а также Каргополь) была передана в юрисдикцию Вологодских архиереев; в 1584 г. эти территории были включены в состав Митрополичьей (с 1589 г. – Патриаршей) области. В 1613–1617 гг., во время оккупации Новгорода шведами, население двинских волостей, Ваги и Каргополя платило церковную дань и венечный сбор Вологодским архиереям. В 1674 г. эти территории были вновь присоединены к Новгородской епархии. В марте 1682 г. «с соизволения» царя Фёдора Алексеевича патриарх Иоаким учредил Холмогорскую архиепископию, в состав которой вошла северо-восточная часть территории Новгородской митрополии. До первой четверти XVI в. Корельский монастырь не был общежительным; он имел приход под началом выборного монастырского старосты, по подобию приходской церкви. Так, судная грамота от 20 июля 1534 г. упоминает старосту монастыря Нестора Мосеева. Однако, когда в 1528 г. Новгородский митрополит Макарий, исполняя постановление Московского собора 1503 г., начал вводить общежительный устав в монастырях епархии, его распоряжение коснулось и Корельского монастыря. С этого времени Корельский монастырь возглавлял настоятель – игумен. Судная грамота от 20 июля 1534 г. упоминает о приезде в обитель первого игумена Вассиана (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). Ранняя история Корельского монастыря связана с экспедициями англичан, которые стремились в середине 1550 гг. проложить северо-восточный путь в Индию и Китай. В августе 1553 г. корабль «Edward Bonaventure» («Эдуард Благое Предприятие») под командованием Ричарда Ченслора вошёл в Двинскую губу Белого моря, о чём писал историограф экспедиции Климент Адамс: «Богу угодно было привести их в большой залив длиной в сто миль или больше. Они вошли в него и бросили якорь, далеко зайдя вглубь. Оглядываясь вокруг и ища пути, они заметили вдалеке рыбачью лодку. Капитан Ченслор с несколькими людьми отправился к ней, чтоб завязать сношения с бывшими в ней рыбаками и узнать от них, какая здесь страна, какой народ и какой их образ жизни». Это и все последующие события были зафиксированы в Двинской летописи: «В лето 7061-м… августа в 24 день прииде корабль по морю на усть Двины реки, и обослався, приехали на Колмогоры в малых судех, и нарекся послом от аглинского короля Едварта, приидох к великому князю. И приказщики царя и великого князя, земские судьи Филипп Родионов да Иван Макаров с товарыщи, обослався к царю и великому князю о немецких гостех, и введоша корабль на зимование в Унскую губу лета 7062-е октября месяца. Посол же, имянем Рыцарт, а с ним гости приидоша, и поехал посол Рыцарт царю и великому князю бити челом ноября в 23 день, чтоб их царь князь великий пожаловал, велел бы им ходить во свое царство с торгом. И царь и великий князь посла королевского Аглинские земли пожаловал, велел им ходить с торгом безопасно и домы им велел ставить и покупать» («Полное собрание русских летописей», том 33). Зимой 1553/1554 гг. Ричард Ченслор находился в Москве, а его корабль стоял в Унской губе.