В декабре 1796 г., после кончины императрицы Екатерины II, О.А. Козловский вышел в отставку. В 1797 г. в московском музыкальном магазине Х.Б. Гене на Кузнецком Мосту начали продавать издания хоровых концертов О.А. Козловского «Изми мя, Господи» (на восемь голосов) и «Плачу и рыдаю» (на четыре голоса). В 1798 г. появилось самое значительное хоровое сочинение О.А. Козловского – Реквием на смерть польского короля Станислава Августа Понятовского. 18 сентября 1799 г. О.А. Козловский получил должность инспектора музыки в Дирекции императорских театров в Санкт-Петербурге, 25 ноября был произведён в чин коллежского асессора, 21 декабря – надворного советника. 19 июня 1803 г. О.А. Козловского утвердили в качестве директора музыки императорских театров в чине коллежского советника. 19 января 1807 г. О.А. Козловскому был присвоен чин статского советника. В 1811, 1812, 1817, 1818 гг. он был награждён бриллиантовым перстнем. О.А. Козловскому платили 7 тыс. руб. в год (самое большое жалованье среди русских музыкантов, состоявших на придворной службе). С 1815 г. О.А. Козловский – почётный член Санкт-Петербургского филармонического общества. В этот период он писал, в основном, театральную музыку: к трагедиям Владислава Александровича Озерова «Эдип в Афинах» и «Фингал», Александра Николаевича Грузинцева «Эдип-царь», Александра Александровича Шаховского «Дебора», Павла Александровича Катенина «Эсфирь» (по Жану Расину), Якова Борисовича Княжнина «Владисан». В конце 1812 г. прозвучал его «Польский с хором на победы князя Михаила Илларионовича Голенищева-Кутузова Смоленского», к 1814–1815 гг. исследователи относят его «Te Deum» по случаю заключения мира с Францией. В апреле 1819 г. О.А. Козловский перенёс апоплексический удар (инсульт), театральную службу пришлось оставить. Ему была начислена пенсия в размере 4 тыс. руб. в год. В 1820 г. О.А. Козловский с женой и 20-летней дочерью-арфисткой Марией вернулся в места своей юности: в Пропойске у графа Матвея Васильевича Муромцева руководил хором и оркестром, играл в квартете в усадьбе Городищи под Минском у предводителя дворянства Л.М. Ракицкого, давал уроки игры на скрипке родственнику Л.М. Ракицкого Карлу Станиславовичу Ельскому. Посещал в поместье Залесье Михаила Клеофаса Огинского, для которого сочинил мелодраму «Жнецы, или Дожинки в Залесье» (1821 г.; музыка не сохранилась). О.А. Козловскому приписывается сочинение «Теоретическая и практическая метода для фортепиано» (на французском и польском языках), автором которого на самом деле является его однофамилец – композитор Игнаций Платон Прокоп Козловский, ученик Джона Фильда. О.А. Козловский вошёл в историю музыки как высокопрофессиональный композитор, автор многочисленных «российских песен», инструментальных, хоровых и симфонических произведений. Его полонезы исследователи делят на две группы: торжественные с хором кантатного типа и лирические фортепианные миниатюры.