Как скрипач он участвовал в квартетных собраниях этого кружка («беляевские пятницы»). В конце 1880 – первой половине 1890 гг. А.А. Копылов опубликовал в издательстве М.П. Беляева ряд произведений для фортепиано, камерных ансамблей и симфонического оркестра, в которых, по мнению исследователей, ощущается сильное влияние композиторов «Могучей кучки», особенно Александра Порфирьевича Бородина. Многие из этих сочинений А.А. Копылова звучали в концертах. После того как в 1895 г. М.П. Беляев не принял к публикации очередные произведения А.А. Копылова, тот почти не обращался к крупным формам, сосредоточившись на пьесах для фортепиано, романсах и хорах. По мнению исследователей, духовная музыка А.А. Копылова в настоящее время является наиболее известной и востребованной частью его наследия. Ему принадлежат свыше 30 духовных сочинений (в том числе крупные циклы – Литургия св. Иоанна Златоуста и Венчание), изданных Матвеем Ивановичем Бернардом (1885 г.) и Петром Ивановичем Юргенсоном (1889–1907 гг.). Священник Михаил Михайлович Лисицын писал, что одни песнопения А.А. Копылова изложены «просто и хорошо», другие же более сложны по гармонии или полифоническим приемам, но в целом отмечал их церковный стиль, изящество и красоту. Сочинения А.А. Копылова входили в репертуар Синодального хора. Исследователи отмечают, что для духовных сочинений А.А. Копылова как представителя петербургской школы характерны гармонический склад, использование диссонантных гармоний (различных септаккордов с обращениями), неаккордовых звуков. Нередко фактура становится весьма тяжеловесной вследствие многочисленных divisi партий, например, в произведениях «Сам Един еси безсмертный», «Богородице Дево», «К Богородице прилежно». А.А. Копылов применяет широкие диапазоны партий, яркие кульминации. Детальная фиксация динамики и темповых указаний даёт представление об исполнительском стиле капеллы. Исследователи отмечают, что в ряде сочинений А.А. Копылов не использует размер, опираясь на структуру текста, завершая строки долгими длительностями; в таких сочинениях заметно выше роль речитации с повторением аккордов. Один из характерных приёмов изложения (последование гомофонного (аккордового) и полифонического, имитационного эпизодов) заимствован А.А. Копыловым у Н.А. Римского-Корсакова (например, в «Достойно есть», «Хвалите Господа с небес», или Херувимской №4, где такое чередование охватывает всю форму). В переложениях церковных распевов (Непорочны и «Покаяния отверзи ми двери») А.А. Копылов ограничивает роль диссонантных гармоний, стремится к мелодизации фактуры. В стихире преподобному Сергию Радонежскому «Приидите, празднолюбцы» А.А. Копылов использует принцип пения с головщиком (сольные запевы и хоровые подхваты), применяет колоритные параллельные октавы (дисканты – тенора – первые басы).