По свидетельству паломника Антония Новгородца, в Константинополе реликвии Страстей были вмонтированы в стену алтаря Святой Софии. В XIV–XV вв. запечатанные императорской печатью Страстные реликвии использовали в богослужениях Великого четверга в Святой Софии Константинопольской, куда их приносили из церкви великомученика Георгия в Манганах, позднее – из церкви пророка Иоанна Предтечи в Петре. Обладание святыней подобного рода сближало храмы Нижегородско-Суздальского княжества с византийской столицей, освящало власть епископа и князя, создание новой кафедры и укрепляло статус столицы великого княжения. В 1401 г. ковчег был обретён и торжественно перенесён в Москву – столицу великого княжества, где стал одним из главных сокровищ государевой казны, передаваемых в правящей семье по наследству (Духовные и договорные грамоты великих и удельных князей). В Благовещенском соборе Московского Кремля в XVII–XVIII вв. ковчег находился на особом поставце у горнего места. Его описание в самой ранней из сохранившихся описей храма (за 1680 г.) позволяет исследователям представить некоторые утраченные детали. Киот на торцах и оборотной стороне был гладкий, отверстия на лицевой панели закрыты стёклами (или плоскими хрустальными вставками), сканые «плащи» вокруг древа Креста были украшены рубинами. В период позднего Средневековья было осуществлено несколько поновлений и мелких ремонтов ковчега. Поновление в 1856 г. значительно исказило старинный вид мощевика. В XIX в. ковчег перенесли в ризницу собора; для участия в богослужении и для поклонения его выносили три раза в год: 31 августа, в празднование Положения пояса Пресвятой Богородицы в Халкопратиях, 13 сентября, накануне Воздвижения Креста Господня, и во время Великого поста, в канун Крестопоклонной недели. Сведения надписей о реликвиях в ковчеге важны для изучения истории константинопольских реликвий в палеологовский период. Столь полный перечень святынь, хранившихся в Манганах (позднее перемещённых в монастырь св. Иоанна Предтечи в Петре), не известен исследователям по письменным источникам раньше начала – первой четверти XV в. В ковчеге находились части хитона Спасителя («нешвенной ризы»), хламиды или багряницы, в которую Его облекли перед поруганием, тернового венца, камня от столпа бичевания и др.; надпись на ковчеге о такой святыне как «кровь истекшая из ребр от иконе христове иже в вурите» (икона Спасителя из Вирита (Бейрута)), исследователи считают самой ранней. Набор мощей, заключённых в ковчег, явился наиболее ценным собранием христианских святынь в Нижегородско-Суздальском княжестве и в Московской Руси той эпохи. Ковчег представляет собой единственный сохранившийся памятник почти исчезнувшей культуры удельного государства.