Совокупность стилистических особенностей произведений той или иной архитектурной школы позволяла создать «портрет исторического явления». А.И. Комеч сопоставлял памятники «русской романики» XII в. с архитектурными школами Северной Италии и Южной Германии, выявляя, таким образом, внешние контакты Древней Руси. Изучение каменных храмов Пскова давало возможность оценить их архитектурные решения, заимствованные у более крупных и древних центров, а также формировавшееся своеобразие локальной школы. Принцип комплексного изучения памятника как отпечатка духовной культуры эпохи был использован при составлении сборника статей, посвящённых Государственному институту искусствознания и занимаемому им особняку бригадирши Анны Ивановны Лобковой («Дом на Козицком». 2004 г.). А.И. Комеч был редактором сборников научных статей, выпускаемых в древнерусском секторе Института искусствознания, и изданий, посвящённых памятникам московской архитектуры (совместно с Владимиром Ивановичем Плужниковым – серия «Памятники архитектуры Москвы», издаваемая с 1982 г.); переводил и готовил к публикации в России работы, основополагающие для истории церковной архитектуры православия в Средние века и Новое время (как, например, статьи П.М. Милонаса), писал о средневековой архитектуре России как о духовном выражении разных общественных слоёв. А.И. Комеч занимался реставрацией и сохранением архитектурного наследия России; возглавлял отдел охраны культурного наследия Министерства культуры СССР (1990–1991 гг.), Государственного НИИ реставрации Министерства культуры РФ. А.И. Комеч с горечью отмечал, что с изменением политического и экономического строя государства страдают и исчезают памятники древних городов, прежде всего, Москвы (при этом он упоминал о важной и трудной работе учреждений по охране памятников в столице и в регионах); говорил о недопустимости нарушать или игнорировать законы об охране памятников, о разрушении культурного наследия, которое приведёт к тяжёлым последствиям в морально-нравственном состоянии общества. Как историк искусства А.И. Комеч призывал спасать и беречь старые здания и города. Среди важнейших его трудов исследователи отмечают работу «Архитектура и ландшафты России» (М., 2003 г., три тома), которая получила символическое название и оформление: «Белая» книга – сохранённые памятники (том 1); «Красная» – на грани исчезновения (том 2); «Чёрная» – утраты (том 3). За пренебрежительным отношением к московскому и ко всероссийскому архитектурному (и художественному) наследию со стороны чиновников, деловых кругов, общественных деятелей А.И. Комеч видел процессы профанации истории и духовной деформации общества: «Мы утрачиваем интерес и уважение к подлиннику, а если говорить шире – к подлинности вообще, ко всему настоящему».