В 1991–1995 гг. представлял Россию в Комитете по культурному наследию Совета Европы. Удостоен почётного звания «Заслуженный деятель искусств Российской Федерации» (1999 г.); лауреат премии имени Д.С. Лихачёва. Уже ранние публикации А.И. Комеча показали новый подход к известным произведениям средневековой архитектуры, например, к Софийскому собору в Киеве. По мнению исследователей, в основе его методики лежало детальное, всестороннее рассмотрение сооружения как художественного произведения. А.И. Комеч умел формулировать задачи и находить методы, позволяющие показать, как в произведении отражаются процессы, определяющие суть исторической эпохи. Доскональное изучение архитектурного памятника, умение находить ему точные аналогии, определять художественный контекст позволяли выявлять исторические причины для рождения тех или иных форм и конструкций. Углублённому рассмотрению архитектурных произведений способствовал расцвет археологической науки в послевоенный период. Метод А.И. Комеча тех лет напоминает исследователям подход археологов: не случайно его первые статьи появляются в археологической периодике. Древнейшие памятники отечественного зодчества А.И. Комеч рассматривал в соотношении с архитектурой Византии (а позднее и средневекового Запада) как часть общего процесса развития архитектуры в Средние века. Стиль ранних архитектурных памятников Древней Руси в работах А.И. Комеча раскрывался как проявление художественных идей, реализованных в Византии и выбранных древнерусскими заказчиками и строителями из её художественной «сокровищницы». Он первым исследовал изменения конструктивных и декоративных приёмов в истории древнерусской домонгольской, а вместе с ней и византийской архитектуры как поиск художественных форм и типов, наиболее точно отвечающих эстетике и философии того периода. Это позволяло рассматривать уникальные особенности конструкции и композиции главного храма византийского мира – Святой Софии Константинопольской, исследовать изменения масштабов византийской архитектуры и её типологии, приводящие к исчезновению грандиозных храмов и распространению типа миниатюрного крестово-купольного в плане храма «на четырёх колоннах», различать особенности архитектурных школ в столице Византии и на Руси XI–XII вв., воплощённые в княжеских храмах Киева, Новгорода, Чернигова; изучение этих храмов стало частью его докторской диссертации («Византийская и древнерусская архитектура X–XII вв.», 1989 г.). Исследование памятника методами архитектурной археологии, изучение специфики его конструкций и декорации, пространственных эффектов, взаимоотношений с окружающим пейзажем и городской застройкой и т.д. давали полное представление о нём.