В числе литературных трудов В.Ф. Комарова исследователи называют «Две публичные лекции о древнем церковном пении Юрия Карловича Арнольда», рецензию на концерт Синодального хора памяти Алексея Фёдоровича Львова («Русская духовная музыка в документах и материалах», том 2). В последний год жизни писал сочинение «Опыт руководства к церковному чтению» (не найдено). Наибольший интерес для исследователей представляет очерк В.Ф. Комарова «Средства к улучшению церковного пения» («Русская духовная музыка в документах и материалах», том 3), связанный с обсуждением на страницах «Церковных ведомостей» проблем преподавания пения в духовных учебных заведениях и новых программ по этому предмету, но затрагивающий и множество других вопросов. Восходящая ко временам Михаила Ивановича Глинки и Владимира Фёдоровича Одоевского идея родства народной песни и церковного пения получила в очерке самобытное и аргументированное раскрытие, исходящее из весьма широкого, универсального и в то же время практического осмысления всех родов русского церковного пения в его живом звучании. И народную песню, и церковное песнотворчество В.Ф. Комаров воспринимал как развитые и самодостаточные системы, нуждающиеся в изучении и сохранении, но отнюдь не в усовершенствовании «извне». Раньше Александра Дмитриевича Кастальского он пытался определить закономерности «народно-русской музыкальной системы» (прежде всего, в сфере ритма, но не только) и писал не просто о «техническом устройстве» и об историческом значении монодии, но и о её художественных преимуществах. В отличие от большинства авторов, много внимания уделявших «композиторскому» духовному творчеству и вопросам «церковного стиля», В.Ф. Комаров считал, что идеальный церковный стиль уже существует – это народное духовное пение, имея в виду не только крестьян, но и знатоков из духовенства, старообрядчества, единоверчества, вообще русских людей, являющихся прирождёнными носителями традиции. Практический подход и живой опыт позволили В.Ф. Комарову сделать ряд тонких наблюдений о темпе исполнения песнопений разных жанров, подкреплённых точными указаниями (в секундах и их долях, приходящихся на основную ритмическую единицу – мору), о художественной ценности песнопений с хомовым (см. в ст. Истинноречие) текстом, о способах воспитания церковных певцов. В.Ф. Комаров жёстко критиковал систему музыкального образования за отрыв от живой церковно-певческой традиции в консерваториях и в меньшей степени в Синодальном училище. Противостояние Синодального училища и ОЛЦП было обусловлено разными задачами: первое культивировало, в первую очередь, «высший слой» церковного искусства, второе обращалось к его народному бытованию. Размышления В.Ф. Комарова о судьбах церковного пения имели в основе логику, идущую не «от письма», а «от звучания».