В 1886–1889 и 1891–1894 гг. В.Ф. Комаров вместе с псаломщиком Николаем Михайловичем Соколовым руководил воскресной школой ОЛЦП. Принял участие в разработке положений о школе и занимался с младшим отделением, т.е. с учениками различного возраста, главным образом, из низших сословий, не имевшими музыкальной подготовки. В.Ф. Комаров стремился создать из учащихся настоящий «народный церковный хор». Младшее отделение пело в воскресные и праздничные дни за литургией в церкви святых Космы и Дамиана в Шубине, его занятия проходили в Высокопетровском монастыре. В 1896–1898 гг., после ликвидации школы ОЛЦП, ученики церковноприходской школы под управлением В.Ф. Комарова пели службы в церкви Спаса Преображения на Песках. Большое значение имела и певческая деятельность В.Ф. Комарова в Московской духовной семинарии. Так, епископ Арсений (Стадницкий; впоследствии митрополит) осенью 1897 г. писал в дневнике о «грандиозном, величественном, трогательном» пении сводного хора из более чем 800 семинаристов под управлением В.Ф. Комарова. В 1890 гг. В.Ф. Комаров опубликовал в Москве несколько сборников гармонизаций для однородного (детского) хора: «Молебен благодарственный» (1895 г.) и «Молебен перед началом учения» (1896 г.), «Песнопения литургии» (1898 г., часть 1: «Неизменяемые песнопения»; 1896 г., часть 2: «Воскресные песнопения из Октоиха»). Алексей Александрович Ширинский-Шихматов в речи памяти В.Ф. Комарова, прочитанной на заседании Наблюдательного совета Синодального училища церковного пения, перечислил также следующие обработки В.Ф. Комарова: «Господи, спаси благочестивыя» и Трисвятое на литургии древнего напева; вариант Херувимской Евстафия Степановича Азеева для смешанного хора; стихиру шестого гласа знаменного распева «Днесь происходит Крест Господень», переложение для двух голосов; «Благослови, душе моя, Господа»; задостойник на Преображение для смешанного хора; тропарь на Крещение Господне обычного распева для смешанного хора; многолетие; «О Тебе радуется»; «Кресту Твоему»; «О преславнаго чудесе»; «Тебе Бога хвалим» («Русская духовная музыка в документах и материалах», том 1, книга 1). В репертуар Синодального хора из произведений В.Ф. Комарова вошли стихиры на Преображение и ирмосы на Воздвижение, Великое славословие, «Хвалите имя» обиходное, «Благослови, душе моя, Господа», фрагменты из литургии. В 1898 г. В.Ф. Комаров стал членом Наблюдательного совета при Синодальном училище, в то время исполнявшего цензурные функции; по воспоминаниям Степана Васильевича Смоленского, В.Ф. Комаров отвечал за «педагогические сочинения». За эту деятельность В.Ф. Комаров в 1901 г. был удостоен высочайшего подарка – перстня с изумрудами и бриллиантами. В 1897 г. В.Ф. Комаров читал лекции на Всероссийских курсах для учителей церковноприходских школ; в течение трёх лет вёл летние курсы для учителей Богородского земства; руководил хором учеников московских церковноприходских школ (именно этот хор исполнял песнопения из литургии В.Ф. Комарова в храме Христа Спасителя 11 мая 1899, 1900 и 1901 гг.).