Неподалёку установлен бетонный монумент в память погибших советских воинов. Внутреннее убранство храмов было окончательно утрачено. Однако сохранились, хотя и с утратами, все храмовые здания. Часовня рядом с Казанским скитом была разобрана и перенесена к пристани с условным сохранением внешних форм. В ней был устроен Контрольно-пропускной пункт, а в Никольской часовне – склад горюче-смазочных материалов. Обелиск, лишённый надписей о пребывании на острове высочайших особ, был перенесён в аллею близ пристани, в 1990 гг. восстановлен на прежнем месте у входа в собор. В 1991 г. остров Коневец и монастырские постройки были возвращены Санкт-Петербургской епархии. Титул настоятеля Коневского монастыря изначально был усвоен правящему архиерею Санкт-Петербургской епархии, митрополиту Иоанну (Снычёву), который 18 февраля 1991 г. назначил наместником архимандрита Назария (Лавриненко). 28 мая 1991 г. архимандрит Назарий c семью монахами прибыли на Коневец. В конце июля того же года Коневский монастырь посетил послушник Пешков, последний из оставшихся в живых насельников старой обители. Первые литургии служили в деревянной «Красной» гостинице. Во время Великого поста 1994 г. были совершены первые монашеские постриги. В ноябре 1991 г. состоялось обретение мощей преподобного Арсения под полом Богородице-Рождественского собора, в склепе на глубине 2,5 м. В 1996 г. археологи подтвердили, что обнаружена гробница XVI в. (мощи преподобного были скрыты братией под спуд именно в конце XVI в. при нападении шведов). В 1998 г. была проведена экспертиза мощей, для них устроена резная рака красного дерева, а в 2008 г. – резная сень. Трудами архимандрита Назария и братии проведены восстановительные работы, прежде всего, в нижнем храме собора, на его завершениях и в гостиничных корпусах, в 1995–1996 гг. – в Казанском скиту. Наладилось сотрудничество с желавшими помочь монастырю в России и Финляндии (в декабре 1991 г. было учреждено общество «Коневец»); появился реабилитационный летний лагерь для детей-инвалидов (общество «Кедр»); развивалось монастырское хозяйство. В Сретенском храме, где совершаются ежедневные богослужения, находятся несколько Коневских икон Божьей Матери, в том числе точный список чудотворного образа, установленный на историческом месте 21 июня 1993 г. В Коневский монастырь из Воскресенской церкви села Важины перенесена старинная Коневская икона в окладе, как полагают исследователи, из Коневского монастыря. К 1993 г. была подготовлена для богослужений Арсениевская церковь. Торжество 600-летия монастыря отметили 12 июня 1993 г. прибытием митрополита Санкт-Петербургского Иоанна (Снычёва) и предстоятеля Финляндской церкви архиепископа Иоанна (Ринне). 19 августа 1998 г. Коневский монастырь впервые посетил предстоятель РПЦ патриарх Алексий II (Ридигер). Службы в праздничные дни неоднократно возглавлял митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров). В 1999–2001 гг. монастырскую братию окормлял наместник иеромонах (ныне епископ Тихвинский и Лодейнопольский) Мстислав (Дячина), с 2001 г. – игумен (ныне архимандрит) Исидор (Минаев). С декабря 2007 г. братию возглавил настоятель, принявший постриг в Коневском монастыре, – иеромонах Александр (Арва). 11 июля 2009 г. монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев).