Кроме того, обнаружены куски мрамора с трудночитаемыми надписями VI в. (можно различить имя Anasias). В 1187 г. Неаполь был завоёван Салах-ад-дином, и церковь была разрушена, о чём косвенно свидетельствуют упоминания паломниками одного только колодца (например, Титмар, 1217 г.; Бурхард Сионский, 1283 г.). В XIV в. путешественники пишут о руинах церкви (Лудольф Зюдхайм, 1336–1341 гг.; Николай из Поджибонси, 1346–1350 гг.). По свидетельству Бонифация из Рагузы, в 1577 г. францисканцы раз в году совершали мессу в крипте церкви. Но в XVII в. церковное здание находилось в настолько плохом состоянии, что паломникам было трудно установить, где находился колодец. Около 1860 г. (1863 г.?) место, на котором находился Колодец Иакова, было куплено Иерусалимской православной церковью, в 1893 г. были начаты раскопки, не столько с научной целью, сколько из желания сделать это место пригодным для христианского богослужения. Было установлено, что глубина колодца составляла 22,5 м, а ширина – 2,25 м. Сначала была восстановлена крипта, в 1908 г. (по другим сведениям, в 1914 г.) Газский митрополит Софроний при финансовой поддержке России начал реконструкцию средневековой церкви. Однако из-за Первой мировой войны работы были прекращены. В 1927 г. здание пострадало от землетрясения. 8 мая 1979 г. Иерусалимская патриархия отправила служить в церковь при Колодце Иакова Филумена (Хасаписа), который столкнулся с угрозами расправы со стороны фанатиков-иудеев; 29 ноября 1979 г. он был убит во время совершения вечерни. Его преемником стал архимандрит Иустин (Мамалос), усилиями которого в 1998–2008 гг. был построен большой храм во имя Фотинии Самаряныни. Северный парекклисион освящён во имя мученика Иустина Философа, южный – во имя священномученика Филумена (здесь хранятся его мощи). Храм представляет собой купольную базилику с трансептом, архитектура которой в память о существовавшей здесь ранее церкви крестоносцев частично стилизована под европейские средневековые стили. В арку западного фасада вписано крупное трёхчастное арочное окно, сам фасад фланкируют две многоярусные колокольни. Перспективный портал западного фасада с тяжёлым аттиком, профилированной центральной аркой, опирающейся на небольшие колонки, соответствует образу триумфальных арок и проездных ворот. В ярусе клеристория в главном и боковых нефах окна имеют вид двухчастных арочек с колонкой посередине, вписанных в общую нишу. Внутри сложенные из тёсаных каменных квадров столпы и пилястры отделаны прислонёнными полуколоннами, образуя своего рода «пучки колонн», которые наряду с пониженными арками боковых нефов напоминают церкви европейской романики и ранней готики. Трансепт и центральный неф перекрыты плоскими потолками, однако мощные арки, поддерживающие барабан купола и оформляющие боковые фасады, сохраняют средневековый образ всего здания.