В 1945 г. из-за религиозных взглядов и связей в РПЦ А.Ч. Козаржевского несколько раз вызывали на допросы органы государственной безопасности, предлагали предоставлять информацию о деятельности священнка Александра Толгского, но А.Ч. Козаржевский отказался, несмотря на угрозы дальнейших преследований. В 1954 г. А.Ч. Козаржевский защитил кандидатскую диссертацию по теме «”Киропедия” Ксенофонта Афинского как историко-литературный памятник IV в. до н.э.» (научный руководитель С.И. Радциг). С 1946 г. А.Ч. Козаржевский преподавал античную литературу и древние языки в Московском городском педагогическом институте, с 1953 г. – старший преподаватель кафедры древних языков исторического факультета МГУ (с 1957 г. – заместитель заведующего кафедрой), в 1967 г. возглавил кафедру после смерти В.С. Соколова. На историческом факультете МГУ вёл семинары по латинскому и древнегреческому языкам, читал общефакультетские курсы: «Мастерство устной речи», «Ораторское искусство», античная литература, был инициатором введения в учебный план курса «Памятники мировой истории и культуры». На филологическом факультете вёл по теме своих научных занятий спецкурсы по источниковедению раннехристианской литературы и греческому койне. Научные интересы А.Ч. Козаржевского в период учёбы в аспирантуре были связаны с проблемами классической филологии, в частности, он исследовал сочинения Ксенофонта. Тогда же написал ряд статей по античной литературе в «Большую Советскую Энциклопедию» и «Советскую Историческую Энциклопедию». Занимался переводами с древнегреческого языка, в том числе сочинений Николая Дамасского, Аппиана, Флавия Арриана, Квинта Курция Руфа. В связи с активной преподавательской деятельностью А.Ч. Козаржевский большое внимание уделял созданию учебников древних языков для нефилологических факультетов и разработке особой методики обучения древним языкам, античной палеографии и эпиграфике студентов-нефилологов. В 1962 г. совместно с В.С. Соколовым А.Ч. Козаржевский издал учебник древнегреческого языка, в 1971 г. – учебник латинского языка, в 1975 г. – новый вариант учебника древнегреческого языка. В неразрывной связи с преподаванием вёл изыскания в области античной риторики и мастерства современного лектора (на эту тему А.Ч. Козаржевский издал учебное пособие). В зрелые годы основная научная деятельность А.Ч. Козаржевского была связана с источниковедением раннехристианской литературы, древнегреческого диалекта койне и палеографии. Этим темам, а также вопросам текстологии книг Нового Завета была посвящена монография «Источниковедческие проблемы раннехристианской литературы» (1985 г.). Монография написана на основе спецкурсов, прочитанных А.Ч. Козаржевским на кафедре Древнего мира исторического факультета и студентам отделения классической филологии филологического факультета МГУ.