Особенно внимательно он наблюдал за тем, чтобы в коллегиях выполнялись основные принципы иезуитской концепции образования: обучение должно быть бесплатным и общедоступным; преподавателям надлежит воспитывать в студентах дух братства, не делая различия между богатыми и бедными и учитывая лишь способности студентов к наукам; духовному воспитанию и дисциплине следует отводить не меньше внимания, чем собственно обучению. О том, каким Пётр Канизий хотел видеть образовательный процесс в коллегиях, свидетельствует относящийся ко второй половине 1550 гг. устав некой коллегии, предположительно Пражской, Ингольштадтской или Кёльнской. Многие положения из этого устава, созданного либо самим Петром Канизием, либо иезуитами, управлявшими коллегиями под его надзором, впоследствии вошли в утверждённый в 1599 г. типовой устав для всех иезуитских коллегий «Распорядок обучения» (см. «Ratio studiorum»). В уставе описываются обязанности руководителя-префекта (praefectus) коллегии, её преподавателей и студентов. Префект коллегии должен был заботиться об организации учебного процесса, подбирать достойных преподавателей, закупать книги, следить за соблюдением устава и программы обучения. Устав предписывал, чтобы коллегия регулярно собиралась под председательством префекта для совместной молитвы, а также ежедневно – для общего урока церковного пения. На преподавателей возлагалась ответственность как за успешное освоение студентами учебной программы, так и за их возрастание в духовной жизни. Специально оговаривалось, что учителям не следует самим побуждать учеников к вступлению в Орден иезуитов, однако при возникновении у способных учеников такого желания его надлежит осторожно поощрять. Из средневековых учебных уставов была заимствована система наказаний (в виде ударов розгами), которые учителя могли налагать на провинившихся студентов. Описываемый в уставе образовательный процесс строился по принципам педагогики гуманизма: студенты должны были овладеть греческим и латинским языками, познакомиться с сочинениями классических авторов (главным образом, латинских) и комментариями к ним, освоить основы риторики. В рамках специального курса следовало читать Священное Писание с авторитетными толкованиями. От студентов коллегии устав требовал быть усердными в учёбе, вести активную религиозную жизнь: они были обязаны участвовать в совместных ежедневных молитвах в коллегии, регулярно посещать храмы, не реже раза в месяц исповедоваться духовникам и исполнять их рекомендации. В качестве эксперта в области духовного образования Пётр Канизий привлекался для консультаций по вопросам организации обучения в Римской коллегии, главном учебном заведении иезуитов. В должности провинциала Ордена Пётр Канизий несколько раз посещал Рим, в том числе три раза принимал участие в заседаниях генеральной конгрегации Ордена и в выборах генерала иезуитов. При подготовке выборов преемника Игнатия Лойолы в 1557 г. поддержал кандидатуру Лайнеса и с неодобрением отзывался о попытках влиятельного иезуита Николая Бобадильи воспрепятствовать его избранию. 2 июля 1558 г. на заседании генеральной конгрегации Ордена иезуитов 13 голосами из 20 Лайнес был избран генералом Общества Иисуса.