Радикальные изменения в сознании и деятельности Герхарда Киттеля совпали с приходом к власти в Германии нацистов. Отныне сферой его интересов становится не столько библеистика, сколько идеология и псевдонаучное обоснование нацистских взглядов. В мае 1933 г. Герхард Киттель вступил в НСДАП (Национал-социалистическую немецкую рабочую партию). Уже в июне 1933 г. Герхард Киттель прочёл в Тюбингене публичную лекцию «Еврейский вопрос», в которой представил евреев как народ, чуждый и враждебный всем прочим народам, среди которых они проживают в рассеянии, особенно германскому. Именно евреи были объявлены повинными в деградации христианской и европейской культуры, именно они породили в ней идейные, общественные, моральные и физические пороки. Решение «еврейского вопроса» Герхард Киттель видел в радикальной изоляции (Fremdlingschaft) евреев, во введении ограничительных законов, в запрете на профессии, особенно в сфере высшего образования, в запрете на смешанные браки и т.д. В ответ на критику, не утруждая себя никакими рациональными доводами (ведь рационализм – один из «пороков», которые он бичует), Герхард Киттель прибегает к демагогии, взывая к национальной интуиции, свидетельствующей о радикальном различии между «германским» и «еврейским». Герхард Киттель стал одним из немногих христианских учёных, оказавших большую услугу нацистской идеологии, переводя её грубые лозунги на интеллектуальный язык академической науки. Как крупнейший немецкий специалист по иудейству, Герхард Киттель возглавил в 1936 г. Отдел изучения еврейского вопроса при Имперском институте истории новой Германии. В многочисленных публикациях в 1930–1940 гг. он восхвалял Адольфа Гитлера и ставил перед всеми немецкими учёными задачу создать национал-социалистическую науку как средство в борьбе против «мирового еврейства». От христианства в эти годы в публичных выступлениях Герхарда Киттеля, собственно, ничего не осталось. Евангелие Иисуса Христа выродилось у него в элементарную естественную нравственность. Так, например, Герхард Киттель неоднократно обращался к высшим функционерам НСДАП с увещеваниями предотвратить массовые убийства и ограничиться одной лишь «тотальной расовой сегрегацией». Кроме того, он противился пропаганде неоязычества, искусственно насаждавшегося в нацистской Германии. За эти «христианские пережитки» Герхард Киттель неоднократно подвергался порицанию со стороны пропагандистского ведомства Альфреда Розенберга. В 1945 г., после капитуляции Германии, Герхард Киттель был арестован французскими оккупационными властями, отстранён от должности профессора, лишён кафедры в Тюбингене и интернирован. В результате ходатайства известного английского библеиста Чарлза Харолда Додда, к которому Герхард Киттель обратился с прошением, в 1948 г. ему было разрешено в ожидании суда вернуться в Тюбинген для подготовки к печати пятого тома «Богословского словаря Нового Завета». Однако Герхард Киттель не дожил ни до суда, ни до выхода в свет этого тома.