В последующие годы «Кларендонские постановления» оставались одной из главных причин конфликта между архиепископом Кентерберийским и английским королём. В июне 1166 г. опальный архиепископ в письме, адресованном епископам своей церковной провинции, осудил «Кларендонские постановления», объявил об их аннулировании (publice condempnauimus et cassauimus) и отлучил от церкви всех, кто поддерживали или соблюдали «Кларендонские постановления». По мере нарастания противостояния возрастала угроза наложения на Англию церковного интердикта. В сентябре 1169 г. король Генрих II издал серию постановлений (исследователи иногда рассматривают их как дополнение к «Кларендонским постановлениям»), прямо направленных против архиепископа и папы Римского Александра III. Так, любого человека, прибывшего в Англию с письмом о провозглашении интердикта, надлежало объявить изменником; все клирики, имевшие бенефиции в Англии, были обязаны вернуться в страну под угрозой конфискации; денарий святого Петра следовало платить в королевскую казну, а не отправлять в Рим. Благодаря посредничеству папы летом 1170 г. между Генрихом II и архиепископом Томасом Бекетом было заключено соглашение о примирении, однако в нём не упоминалось ни об одном спорном вопросе, включая и «Кларендонские постановления». Убийство архиепископа Томаса Бекета вскоре после его возвращения в Англию (29 декабря 1170 г.) вновь создало угрозу наложения интердикта на Англию и отлучения от церкви короля Генриха II. Король был вынужден пойти на уступки папе: в мае 1172 г. в городе Авранш (герцогстство Нормандия) он принёс формальное покаяние и согласился на ряд условий, выдвинутых папскими легатами. В частности, Генрих II обязался отменить «все обычаи, принятые против церквей» (consuetudines que inducte sunt contra ecclesias) в его правление. Однако из положений «Кларендонских постановлений» в соглашении прямо было упомянуто лишь ограничение права апелляции к Папскому престолу. В 1176 г., после переговоров с папским легатом в Англии кардиналом-диаконом Уго Пьерлеони, король Генрих II согласился на ряд уступок: признал почти полный юридический иммунитет клириков (дела, связанные с нарушением законодательства о лесах, а также касавшиеся светских феодов, оставались в юрисдикции короля) и обязался не больше года удерживать доходы с вакантных епископских кафедр и монастырей. На практике вопросы, касавшиеся юридического статуса священнослужителей, а также светского патроната над церквами и влияния королевской власти на епископские выборы, оставались в Англии спорными на протяжении всего Средневековья. С «Кларендонскими постановлениями» исследователи просят не путать Кларендонскую ассизу (1166 г.), изданную королём Генрихом II в том же замке Кларендон, – инструкцию королевским разъездным судьям. Она ограничивала использование в судебном производстве ордалий и переводила все тяжкие уголовные преступления в компетенцию королевского суда, в котором применялся инквизиционный процесс, т.е. расследование с привлечением свидетелей (присяжных). Кларендонская ассиза способствовала распространению системы «общего права» в Англии.