В письмах, направленных в начале ноября 1650 г. на предсеймовые сеймики, Б.М. Хмельницкий обращал внимание православной шляхты, что заключённые соглашения не выполнены, и ответственность за это возлагал на А.Г. Киселя, который дал заверения, оказавшиеся ложными. Одновременно на сейм были направлены «petita», повторявшие требования ликвидировать унию и передать православным все церковные имущества, которые находились в руках униатов. В начале декабря 1650 г. А.Г. Кисель покинул Киев, направляясь на сейм. Его отъезд положил начало массовому выезду шляхты с территории гетманства. Однако на сейм А.Г. Кисель не поехал, но, остановившись в своём волынском имении Гоща, отправил на сейм записку со своими предложениями. Убеждённый, что Речь Посполита не может выиграть будущую войну, он предлагал пойти на ряд уступок казакам и, в частности, ликвидировать унию. Его предложения не были приняты, а А.Г. Кисель подвергся резкой критике. Ему было снова поручено вести переговоры с Б.М. Хмельницким, но только для того, чтобы скрыть приготовления польской стороны к войне. С началом войны А.Г. Кисель присоединился к коронной армии и во время битвы под Берестечком находился в польском лагере. В сентябре 1651 г. участвовал в мирных переговорах, которые завершились заключением Белоцерковского мира. После заключения мира, тяжёлого и невыгодного для потерпевшей поражение украинской стороны, А.Г. Кисель смог вернуться в Киев. В январе 1652 г. был составлен и передан А.Г. Киселю как представителю Речи Посполитой новый казацкий реестр. Однако ситуация обострилась, когда на сейме в 1652 г. был опротестован и не подтверждён Белоцерковский договор. Весной 1652 г. А.Г. Кисель возглавил комиссию, направленную на Украину для разбора обвинений против полковников и сотников, нападавших на поляков. На съезде в Корсуне с гетманом были казнены двое обвиняемых в этом полковников. После нового конфликта и разгрома польской армии под Батогом в июне 1652 г. А.Г. Кисель был вынужден покинуть Киев. На сейме, собравшемся в июле 1652 г., он участвовал в принятии нового решения о войне; присутствовал и на сейме, собравшемся в Бресте в марте 1653 г.; умер А.Г. Кисель в Бресте вскоре после окончания сейма. Перед смертью он отказался принять иезуитов, которые хотели его обратить. В завещании подчёркивал преданность своей вере, но говорил и о том, что стремился установить мир между народами и религиями. А.Г. Кисель основал пять монастырей: два на Волыни, три на Черниговщине. 16 сентября 1643 г. сделал фундушевую запись о создании в Низкиничах монастыря в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Владелец имения передал строящейся обители три крестьянских двора, озеро с плотиной и мельницей, другие угодья, в монастырское хозяйство входил фольварок и кирпичные заводы. Монастырю ежегодно поступали проценты от суммы денег и десятая часть урожая. Фундуш был подкреплён в 1646 г. 5 тыс. злотых и 100 гектарами пахотной земли, в 1648 г. А.Г. Кисель отписал монастырю 1500 злотых из доходов села Седлище и пожертвовал колокол со своим гербом. В 1649 г. его брат Николай Кисель вложил в Покровский монастырь 1 тыс. злотых.