После поражения восстания, британской оккупации Египта и возвращения хедива патриарх попал в опалу. В начале 1911 г., опасаясь роста антихристианских настроений в Египте, он выступил против созыва Конгресса коптов в Асьюте, солидаризировавшись тем самым с позицией английских оккупационных властей. Кирилл V безоговорочно принял египетскую революцию 1919 г. и благословил паству на борьбу за независимость Египта и единство долины Нила. До конца жизни патриарх сохранял дружеские связи с лидером египетского национально-освободительного движения Саадом ибн Ибрахимом Заглулем. В международных вопросах Кирилл V  также продолжал политику Кирилла IV, важнейшим вектором которой было развитие отношений с Эфиопией. Ещё в 1874 г. эфиопский император Иоанн IV при посредничестве российского посла в Константинополе убедил османское правительство обратиться к хедиву с требованием ускорить избрание нового патриарха, которым стал Кирилл V. В 1881 г. по просьбе императора Кирилл V назначил в Эфиопию четырёх архиереев из числа коптов (до этого в стране находился только один архиерей – коптский митрополит). В 1904 и 1909 гг. патриарх совершил пастырские визиты в Судан, учредив там Хартумскую епархию. Кирилл V поддерживал хорошие отношения как с египетским хедивом и турецким султаном, так и с эфиопским и российскими императорами; все они наградили его государственными орденами. Одной из важнейших проблем патриаршества Кирилла V стала борьба между духовной и светской элитами за лидерство в коптской общине. Избрание Ханны ан-Насыха на престол св. Марка после почти пяти лет вдовства кафедры стало компромиссом между клиром Коптской церкви и коптской светской знатью, объединённой в созданную незадолго до того организацию Совет общины (Маджлис аль-милли). Основным требованием совета, который возглавлял крупный чиновник, будущий министр иностранных дел и премьер-министр Египта Бутрос Гали, было предоставление мирянам права участия в решении вопросов, до сих пор составлявших прерогативу церковной иерархии, в том числе касавшихся личного статуса членов общины, деятельности благотворительных и образовательных учреждений. Кандидатура Ханны ан-Насыха на патриаршество была выдвинута Советом общины, и сразу после интронизации Кирилл V придал действиям этого совета законность, признав его официальным представительным органом общины. Однако вскоре патриарх практически парализовал деятельность совета, прекратив созывать его заседания. Противостояние патриархии и Совета общины растянулось на десятилетия и шло с переменным успехом. Его кульминацией стали события 31 августа – 2 сентября 1892 г., когда, воспользовавшись отсутствием Кирилла V в Каире, совет привлёк на свою сторону некоторых членов Священного Синода и выпустил постановление о низложении патриарха и изгнании его в Дейр-эль-Барамус. Местоблюстителем престола св. Марка был назначен Афанасий, епископ Санабу. Однако коптская община сохранила верность Кириллу V, прихожане перестали посещать богослужения. В результате хедив издал указ, возвращавший Кирилла V из ссылки и отменявший постановление Совета общины и Синода. 4 февраля 1893 г. патриарх торжественно вернулся в Каир. Патриаршество Кирилла V стало самым долгим в истории Коптской церкви: он занимал престол св. Марка 52 года и 9 месяцев. Когда известие о его кончине достигло Эфиопии, в стране был объявлен трёхдневный траур.