Киприан заложил основы обеспеченности Тобольского архиерейского дома пахотными землями, сенными покосами, рыбными ловлями. При нём архиерейские вотчины насчитывали сотни десятин, десятки крестьян находились в кабальной зависимости. Ходатайствуя перед царём об отводе кафедре наиболее удобных угодий и получив их, Киприан вступил в конфликт с тобольским воеводой Матвеем Михайловичем Годуновым и верхушкой тобольского казачества, издавна «без грамот» пользовавшихся теми же угодьями. Конфликт углублялся и потому, что правительство Михаила Фёдоровича во всём поддерживало архиерея: из Москвы на имя воеводы приходили грамоты с требованиями обеспечить архиепископа достойными его хоромами (если невозможно их построить, требовалось освободить воеводский дом), подчиняться ему во всех духовных делах. Архиепископу был поручен помимо дел церковных надзор за местной администрацией. По сообщению Сибирского летописного свода, в 1623 г. «против святительскаго челобитья против Киприянова» («Полное собрание русских летописей», том 36, часть 1) в Сибирь прибыли сыщики для расследования деятельности М.М. Годунова. Из «Краткого летописца Новгородских владык» исследователям известно, что Киприан в Сибири «неверных много крестил... и слабость многую в духовных делех, в беззаконных женитвах и в ыных во многих духовных делех исправил и утвердил... и от многих неискусных людей многую молву, и мятежи, и тесноту терпел». Киприан активно вёл церковное строительство. При нём закончилось возведение тобольского кафедрального собора во имя Софии Премудрости Божьей, построено большое количество церквей как в Тобольске, так и в других сибирских городах; основано несколько монастырей в разных городах, куда Киприан направлял монахов, приехавших с ним из Центральной России. Архиерей перевёл на новое место в Тобольске крупнейший мужской Успенский монастырь и освятил там церковь в честь иконы Божьей Матери «Знамение, яже в Великом Новеграде». При устроении церковной жизни в Сибири Киприан опирался на прославление новгородских святынь. Он обращал особое внимание на почитание Варлаама Хутынского: его икону Киприан привёз из Новгорода и поместил в Софийском соборе. На стене собора был изображён Стефан Пермский, чью миссионерскую деятельность ставил в пример первому Сибирскому архиепископу патриарх Филарет. Житие святителя Стефана было широко распространено на Урале и в прилегающих к нему районах Сибири.