19 февраля 1929 г. Киприан был арестован по обвинению в «антисоветской пропаганде под видом религиозной деятельности». На допросах отрицал свою виновность, заявил о лояльности к гражданской власти, в отношении же своей критики обновленчества пояснил, что она не имеет отношения к антисоветской пропаганде. Киприан признал, что в епархии действовала система оказания помощи семьям репрессированных священнослужителей, но пояснил: «Оказание пособий семьям я не мог рассматривать как караемое сношение с преступной средой». Выпуск и распространение посланий к клиру Киприан разъяснил как «прямое, обязательное для меня руководство духовенством». 24 мая 1929 г. решением особого совещания при Коллегии ОГПУ Киприан был освобождён из-под ареста, однако ему предписывалось в течение трёх лет проживать под надзором по выбранному им месту жительства вне крупных городов и Сибирского региона. 5 июля он выехал из Иркутска в город Златоуст. 19 июля в связи с нахождением под административным надзором уволен на покой. 23 октября 1932 г., после отбытия срока поднадзорной ссылки, назначен архиепископом Златоустовским. С 14 августа 1933 г. – архиепископ Ижевский при сохранении временного управления Златоустовской епископией. 11 июня 1934 г. назначен управляющим Вятской епархией (в декабре того же года переименована в Кировскую). 25 октября 1934 г. избран членом Временного Священного Синода РПЦ на зимней сессии 1934/1935 гг. 18 мая 1935 г. указом митрополита Сергия Временный Священный Синод был упразднён, его члены вернулись в свои епархии. Киприан старался предотвратить участившиеся закрытия церквей властями, требовал от подчинённого ему духовенства принять меры к сохранению храмов. В 1935 г. Киприан вынес порицание викарному Нолинскому епископу Георгию (Анисимову) за не поданные в срок жалобы на закрытие кафедрального собора в Нолинске. 5 августа 1937 г. Киприан был арестован в Кирове по обвинению в принадлежности к «контрреволюционной группе епископов сергианской ориентации» и шпионской деятельности в пользу Японии. Содержался в кировской тюрьме. Первоначально на допросах отрицал обвинения в шпионаже и контрреволюционных действиях. На вопрос об отношении к политическому режиму ответил, что к советской власти относится лояльно, но хотел бы, чтобы она «дала больше свободы в церковной жизни». Также Киприан заявил, что недоволен действиями местных органов власти, которые «допускают перегибы в отношении Церкви». На допросе 22 сентября линия поведения Киприана резко изменилась. Он признал, что ещё в 1918 г. был завербован японской разведкой и в последующем состоял членом контрреволюционной монархической организации, связанной с руководством РПЦЗ. На допросе 24 сентября Киприан вновь изменил свои показания и заявил о существовании в СССР контрреволюционной организации, в которую входило всё высшее духовенство Московской патриархии во главе с митрополитом Сергием. Признал себя руководителем «контрреволюционной группировки церковников сергианской ориентации» в Кировской области, но конкретных фактов шпионской и противогосударственной деятельности не назвал. 9 декабря 1937 г. Особая тройка при УНКВД Кировской области приговорила Киприана к смертной казни. Через два дня он был расстрелян в подвале внутренней тюрьмы НКВД в Кирове. Вместе с Киприаном были осуждены и казнены пять членов епархиального совета Кировской епархии.