В 1912–1916 гг. его помощником в управлении миссией был иеромонах Мануил (Лемешевский; впоследствии митрополит). После Февральской революции 1917 г. Киприан неоднократно обращался в Семипалатинский областной комиссариат Временного правительства, ратуя за продолжение деятельности Киргизской миссии. В миссионерских приходах состоялись собрания представителей как русских прихожан, так и новокрещёных казахов, которые приняли постановления о необходимости сохранения миссионерских станов. Однако после Октябрьской революции 1917 г. деятельность миссии была прекращена. Во время гражданской войны Киприан переехал в Омск, где был помощником Омского архиепископа Сильвестра (Ольшевского), главы Высшего временного церковного управления Сибири, затем вернулся в Семипалатинск. Весной 1922 г., во время изъятия церковных ценностей, Киприан выступил с обращением, в котором призывал паству к миру и спокойствию. Это помогло избежать насильственных действий и не дало властям повода для массовых репрессий против верующих. Летом того же года Киприан занял двойственную позицию в отношении обновленчества: формально признал обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ), но противодействовал исполнению его предписаний. Местные обновленцы направили в обновленческое Сибирское церковное управление в Томске просьбу о смещении Киприана и замене его обновленческим епископом. Из Томска в Семипалатинск прибыл в качестве главы новой обновленческой епархии священник Николай Минин (утверждён ВЦУ Семипалатинским «архиепископом» в ноябре 1922 г.). Однако большинство приходов Семипалатинска признавало своим архиереем Киприана. Осенью 1922 г. обновленцы обратились за поддержкой к советским властям. Руководство Казахской АССР приняло решение передать кафедральный Никольский собор Семипалатинска обновленцам и потребовало от Семипалатинского губисполкома обеспечить исполнение этого распоряжения. Киприан организовал несколько совещаний представителей приходских советов для обсуждения мер по защите церкви от обновленцев. Эти совещания, о которых стало известно властям, стали поводом для обвинений в нарушении постановления об обязательной регистрации всех собраний. 4 декабря 1922 г. сотрудники ГПУ арестовали участников совещания духовенства и мирян, проходившего в Никольском храме. 7 декабря за «созыв тайного собрания без оповещения органов власти» был арестован и Киприан. Пока епископ находился в тюрьме, по всей губернии шёл сбор подписей верующих за его освобождение. 19 февраля 1923 г. Семипалатинский губернский отдел ГПУ направил дело Киприана и других обвиняемых в Москву на рассмотрение центрального ГПУ, предлагая высылку подследственных, как противников обновленчества, за пределы Семипалатинской губернии. 16 мая того же года особое совещание при ГПУ при НКВД РСФСР приняло решение о заключении Киприана за «антисоветскую деятельность» в концентрационный лагерь на два года. Срок заключения Киприан отбывал на Соловецких островах. После освобождения из лагеря Киприан был административно выслан во Владивосток. 13 ноября 1925 г. назначен епископом Владивостокским и Приморским, позднее возведён в сан архиепископа.