Вместо прежней системы получения части приходского дохода священники стали получать ежемесячную зарплату в установленном размере. 25 февраля 1964 г. Киприан был освобождён от обязанностей управляющего делами МП и выведен из состава Священного Синода с оставлением в должности викария Московской епархии. 20 мая того же года назначен архиепископом Берлинским и Среднеевропейским, патриаршим экзархом Средней Европы. 23 июня 1966 г. уволен на покой. Последний период жизни Киприана связан с почётным настоятельством в возрождённом им во время своего иерейства Скорбященском (Преображенском) храме в Москве, где он служил до конца своих дней. Церковь на Большой Ордынке превратилась в этот период в один из значительных духовных и культурно-просветительских центров Москвы. Храм славился красотой уставных служб и церковного пения. Организованный при Скорбященской церкви хор под управлением Николая Васильевича Матвеева считался в то время одним из лучших церковных хоров в России. Традицией стало отмечать годовщины со дня кончины композиторов, прославленных в истории русской духовной музыки (Петра Ильича Чайковского, Сергея Васильевича Рахманинова, Павла Григорьевича Чеснокова), исполнением на литургии их духовных произведений. Киприан был большим ценителем красоты и стройности церковной службы, возглавлял в храме все праздничные и воскресные богослужения, служил и в будние дни, нередко заменяя заболевших иереев. Всегда проводил общую исповедь накануне Крещенского сочельника, в пятницу вечером на первой седмице Великого поста и вечером в Великую среду. На эти исповеди собирались верующие со всей Москвы. Киприан получил известность как проповедник. После каждого проведённого богослужения произносил проповеди, которые составили циклы, посвящённые Священной истории, учению о церкви, таинствам и богослужению; он хорошо разбирался в вопросах церковных облачений, собрал в ризнице своего храма уникальную коллекцию старинных вещей. Некоторые его проповеди публиковались в «Журнале Московской Патриархии», другие, записанные почитателями, были напечатаны уже после смерти Киприана. По свидетельствам знавших Киприана, при импульсивном, вспыльчивом характере он был отходчив и незлопамятен. Добросердечность Киприана признавали даже его критики. Был щедр на помощь людям, в том числе денежную. Пользовался большой любовью и уважением прихожан. Награждён орденами св. князя Владимира первой степени (1963 г.) и св. Сергия Радонежского второй степени (1981 г.). Скончался в своём храме перед началом воскресной литургии. 8 апреля 1987 г. Крутицкий митрополит Ювеналий (Поярков) возглавил в Скорбященской церкви отпевание Киприана, которое, согласно завещанию покойного, совершалось священническим чином. Погребён на Преображенском кладбище Москвы.