В 1950–1951 гг. в этом помещении начала действовать МЭСМ (малая электронно-счётная машина). До 1958 г. в здании гостиницы находился вычислительный центр АН УССР, затем помещение передали академической типографии, с северной стороны к зданию был пристроен наборный цех, а с южной – котельная. На территории бывшей пасеки в конце 1960 гг. была сооружена академическая гостиница-пансионат. В 1990 г. собор великомученика Пантелеимона был передан УПЦ, настоятелем назначен архимандрит Серафим (Демьянов; впоследствии епископ Яготинский, викарий Киевской митрополии), который руководил всеми восстановительными работами на территории Феофании. В 1993 г. решением Священного Синода УПЦ ремонтировавшийся собор и прилегающие к нему строения были переданы киевскому в честь Покрова Пресвятой Богородицы женскому монастырю, организовавшему здесь скит во имя великомученика Пантелеимона. 30 августа 1998 г. митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан) освятил центральный престол собора. Восстановительный проект подготовили архитекторы Яков Яковлевич Дихтярь и Юрий Георгиевич Лосицкий. В храме установлен иконостас высотой 14 м, иконы написаны мастерами художественной школы имени святителя Петра, митрополита Киевского и Московского. 24 апреля 2002 г. Синод УПЦ предоставил скиту Феофания статус самостоятельного женского монастыря с правом избрания игуменьи из числа сестёр. 9 июня 2002 г. первой настоятельницей была избрана игуменья Елисавета (Андреева). В тот же день митрополит Владимир (Сабодан) освятил престол правого придела собора во имя преподобного Серафима Саровского. 29 марта 2004 г. Киевский во имя великомученика Пантелеимона женский монастырь выкупил у государства остатки полуразрушенного храма Всех святых с прилегающими постройками. В 2005 г. восстановлен четырёхэтажный монашеский корпус с домовой церковью в честь Чуда архангела Михаила в Колоссах, обустроен хозяйственный двор с подсобными помещениями, построен тёплый кирпичный коровник, заасфальтирована дорога, и посажены сады. Отреставрирован жилой комплекс храма Всех святых, в котором обустроены покои викарного епископа. Обнаружены местонахождения трёх кладбищ, на которых в XIX–XX вв. хоронили монахов Феофании и других киевских монастырей. 26 июля 2007 г. Киевский городской совет решил передать Киевскому во имя великомученика Пантелеимона женскому монастырю в долгосрочную аренду сроком на 25 лет земельные участки общей площадью 23,69 га для эксплуатации и обслуживания сооружений обители и благоустройства монастырской территории. 16 ноября того же года Священный Синод УПЦ определил архимандриту Серафиму (Демьянову) быть епископом Яготинским, викарием Киевской митрополии, с продолжением послушания по восстановлению Киевского во имя великомученика Пантелеимона женского монастыря. Осенью 2008 г. начато строительство центральных св. ворот. К 2009 г. церковь Всех святых была восстановлена, и 16 мая того же года освящена митрополитом Владимиром (Сабоданом). К 2013 г. в Киевском во имя великомученика Пантелеимона женском монастыре проживало около 70 сестёр.