В день освящения Михайловского храма митрополит Гавриил издал указ: «Усмотрев довольное рачение преосвященного Феофана, епископа Чигиринского, викария Киевской митрополии, и неусыпные труды его в приведение в наилучшее состояние места, называемого Лазаревщина…, благословили мы сие место отныне впредь называть не Лазаревщиной уже, но Феофанией». После назначения в 1807 г. епископа Феофана на Полтавскую кафедру работы по обустройству Феофании приостановились. В 1835 г. епископ Тобольский и Сибирский Владимир (Алявдин) предпринял попытку устроить в Феофании скит. В следующем году по инициативе Иннокентия (Борисова) в Феофании были прорублены просеки и поставлены беседки. Все холмы, ручьи, пруды и дороги были названы по образцу библейских мест: Фавор, Елеон, Синай, Хорив, Кедрский и Силоамский потоки, Иосафатова долина. В 1838 г. к территории Феофании было добавлено ещё 43 га земли, и её общая площадь составила 186 га. В 1836 и 1849 гг. территория Феофании была окружена рвом (его длина около 5 км, ширина около 1,5 м, глубина 1 м). В 1861 г. настоятель Михайловского монастыря епископ Серафим (Аретинский) поручил иеромонаху Вонифатию (Виноградскому) устроить в Феофании скит. К отремонтированной Михайловской церкви был пристроен архиерейский дом, построены деревянные кельи, колокольня и гостиница для богомольцев, а над «Великим источником» возведена часовня. 26 сентября 1866 г. по проекту викария Киевской епархии епископа Чигиринского Порфирия (Успенского) в Феофании был заложен каменный храм во имя Всех святых. 8 июня 1869 г. епископ Порфирий (Успенский), игумен Вонифатий (Виноградский) и др. освятили этот храм. Ближайшим помощником в строительстве скита для игумена Вонифатия стал преподобный Гавриил Афонский. После кончины игумена Вонифатия (ум. 27 декабря 1871 г.) его труды продолжил иеросхимонах Иринарх (Дорогавцев), управлявший скитом больше 30 лет (до 1905 г.). Все деревянные постройки были обложены кирпичом, возведена трёхъярусная колокольня, построены помещения для хозяйственных служб, перестроены храмы, проведён водопровод. К часовне над источником был пристроен алтарь, таким образом был открыт третий храм с источником внутри. 28 сентября 1900 г. епископ Сергий (Ланин) освятил его в честь Владимирской иконы Божьей Матери. В 1891 г. в Феофании был зарегистрирован случай исцеления прихожанки у чтимой Касперовской иконы Божьей Матери. До 1901 г. Феофания была фактически монастырским хутором при загородном архиерейском доме настоятеля Михайловской обители. 25 июля 1901 г. Синод определил «существующее близ Киева иноческое общежитие Феофания обратить в общежительный мужской скит, с припискою оного к Киево-Михайловскому Златоверхому монастырю». Начальником скита был поставлен настоятель Михайловского монастыря. Он управлял скитом через скитоначальника в звании строителя. Помощниками строителя были казначей, благочинный и расходчик. Строитель назначался в Феофанию Киевским митрополитом, а его помощники утверждались в должности преосвященным настоятелем Михайловского монастыря. Скиту предписывалось учредить для канонархов церковноприходскую школу с общежитием.