Новая игуменья Пульхерия (Шаховская) присоединилась к мнению архиерея и доложила о решении основных проблем Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря, связанных с водонасыщенностью грунтов и сезонными оползнями, а именно: с проведением труб, окружением церквей каналами, выведенными за св. ворота в «большой городской канал». Рынок же, находившийся за колокольней при входе в монастырь, ко времени составления рапорта уже был перенесён на другое место (Центральный государственный исторический архив Киева). И всё же описание монастырской застройки 1810 г., плохого состояния старых деревянных келий с учётом пополнения в 1808 г. обители сёстрами выведенного за пределы Киева Иорданского монастыря подтверждает нехватку территории и сопряжённые с этим неудобства (на тот момент в монастыре проживало 300 человек). Десять келий были построены на склоне горы, за пределами ограды. Игуменья Пульхерия считала, что расширить территорию монастыря можно лишь за счёт присоединения погоста Васильевской церкви (в 1715 г. это же место как одно из приемлемых для строительства Нововознесенского монастыря рассматривали переведённые из Печерского местечка монахини). Из-за большого строительства, которое развернулось в Киеве, расширение территории и возведение каменных келий в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре было отложено до 1812 г. Естественный ход событий был нарушен пожаром, охватившим весь Подол в июле 1811 г., а также корректировкой планов строительства в связи с начавшейся Отечественной войной 1812 г. С пепелища флоровских монахинь эвакуировали на территорию Пустынно-Никольского монастыря, братию которого в спешном порядке перевели в помещения Киево-Печерской лавры. Никто не ожидал восстановления Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря на прежнем месте. Однако в январе 1812 г., при обсуждении планов подготовки Печерской крепости к возможному нападению наполеоновских войск, генерал-майор И.А. Глухов предложил снести Пустынно-Никольский монастырь. Вышел соответствующий тайный приказ императора Александра I, и одновременно из казны были выделены деньги на ускоренное восстановление Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря. Новый проект отличался от первоначального проекта А.И. Меленского: вместо каменных корпусов спешно возвели четыре деревянных жилых здания, в которые уже в апреле 1812 г. переехали флоровские монахини. Никольской братии вначале было отдано распоряжение оставаться в лавре, но поскольку император Наполеон повёл войска сразу на Москву через Белоруссию и Смоленск, то идея разрушения монастыря около Печерской крепости была забыта. В ХIX в. произошло значительное расширение территории обители: с юга был присоединён участок сгоревшей в 1811 г. так называемой казачьей Васильевской церкви, с запада – прилегающий склон с вершиной горы, именуемой Киселёвка (по имени киевского воеводы Адама Григорьевича Киселя, который последним жил на горе с 1649 по 1652 гг.). Таким образом, монастырь получил возможность контролировать состояние оползневого склона и укреплять его, прежде всего, насаждением деревьев (сохранились остатки монастырского сада).