Приём на послушание приостановился. Штат обители составляли, в основном, старожилы Флоровского и закрытых монастырей. По состоянию на 1786 г., в игуменство монахини Августы (графиня Апраксина, в девичестве княжна Ягужинская), в обители проживали 71 штатная монахиня в возрасте от 59 до 86 лет и 54 заштатные – от 60 до 83 лет (Центральный государственный исторический архив Киева). Вдовствующая княгиня Прасковья Шаховская (монахиня Пульхерия, с 1806 по 1812 гг. – игуменья) после восьми лет пребывания в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре в 1805 г. получила отказ митрополита Серапиона в постриге на основании того, что после ликвидации монастырей в Киевской епархии оставались неустроенными 24 заштатные монахини. Только личное обращение к императору способствовало положительному решению вопроса. Инокиня Елена (в миру Екатерина (1756–1834 гг.), дочь генерал-майора Алексея Дмитриевича Бехтеева), причисленная в 2009 г. решением Синода УПЦ к лику местночтимых святых Киевской епархии, лишь незадолго до кончины, при митрополите Киевском и Галицком Евгении (Болховитинове), удостоилась пострига в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре. Она приехала в Киев из Воронежской губернии для поступления на послушание в Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь, но как не состоявшая в штате монастыря была вынуждена покинуть город после пожара 1811 г. В 1817 г. Е.А. Бехтеева вместе с Елизаветой Придорогиной, дочерью «именитого воронежского гражданина», вновь поступила на послушание в Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь и с разрешения начальства построила на собственные средства кельи, которые после её смерти должны были остаться в собственности монастыря (Центральный государственный исторический архив Киева). До начала ХIX в. кельи и хозяйственные сооружения Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря были деревянными, сохранялось их размещение на территории обители, сформировавшееся ещё в ХVII в. К югу от соборной площади находилось хозяйственное подворье. К северу, сразу за оградой, начиналось кладбище приходской Васильевской церкви. Теснота и неудобство расположения монастыря подтолкнули монахинь к обращению по поводу возможности перемещения обители ближе к лавре, возле Печерской крепости. Это совпало с планами благоустройства Подола, в частности. с заменой всех деревянных строений монастыря каменными. В связи с тем что в Российской империи не было ни одного женского монастыря, который отвечал бы по своим условиям статусу лиц из высшего общества, желавших принять постриг, в 1804 г. на уровне Министерства внутренних дел, Киевского губернского правления и митрополии рассматривался вопрос о возможности перемещения флоровских сестёр в более удобно расположенный монастырь в Киеве. Самым приемлемым вариантом был признан обмен местами проживания общин: братия Пустынно-Никольского мужского монастыря должна была переселиться во Флоровский монастырь, уступив свой женской общине этой обители. Составление планов и смет расходов на каменное строительство во Флоровском и Никольском монастырях было поручено городовому архитектору Киева Андрею Ивановичу Меленскому. Однако Киевский митрополит Серапион (Александровский) не поддержал эту идею.