Так, насильственное введение «Книги общих молитв» в 1637 г. вызвало восстание в Шотландии. В следующем году оформился Ковенант – «общественный договор» религиозного характера, целью которого была «защита истинной веры», пресвитерианства, от посягательств «папистов» и арминиан (см. ст. Ковенантеры). Карл I, действовавший медленно, нерешительно и непоследовательно и не имевший достаточно средств на проведение реформ, вскоре утратил контроль над ситуацией в Шотландии. Он дал согласие на созыв Генеральной ассамблеи, первые заседания которой показали, что шотландцы полностью игнорируют королевские указы: были отменены «Пертские статьи» и упразднён епископат. Попытка королевского комиссара лорда Джеймса Гамильтона распустить ассамблею потерпела неудачу, а шотландцы начали формировать армию и отправили своих посланников в другие страны. Для подавления мятежа (так называемые епископские войны) Карл I собрал 30-тысячное войско, а созданный им военный флот блокировал залив Ферт-оф-Форт. Однако война затягивалась, шотландцам удалось отстоять основные форпосты, и в этих условиях Карл I решил вновь собрать английский парламент, надеясь на антишотландский настрой парламентариев. Но так называемый Короткий парламент, просуществовавший с 13 апреля по 5 мая 1640 г., не позволил королю добиться желаемого результата. В палате общин начала формироваться оппозиция короне во главе с Джоном Пимом, Джоном Хампденом и рядом других коммонеров (членов парламента незнатного происхождения). Палата общин потребовала от короля отмены «корабельных денег», пообещав взамен многократную субсидию, которой, впрочем, не хватило бы на ведение войны с Шотландией. Карл I, рассчитывавший на денежную помощь испанцев, обещанную Англии для борьбы с общим врагом – Голландией, распустил парламент. Но денег от испанского короля Филиппа IV, занятого в это время подавлением восстания в Каталонии и Португалии, он так и не получил. В этих условиях Карл I начал наступление на шотландцев, не собрав необходимых для этой кампании средств. Шотландская армия быстро остановила войска Карла I, перешла английскую границу и заняла Ньюкасл. Начались переговоры, на которых в качестве основных условий перемирия ковенантеры потребовали гарантий свобод для себя и пресвитерианской церкви, установления новых конфедеративных отношений с Англией и значительной контрибуции. Карл I был не в состоянии действовать далее без поддержки парламента, 3 ноября 1640 г. открылся так называемый Долгий парламент. 1641 год стал для Карла I временем бесконечных уступок: он подписал билль о трёхгодичном парламенте, который не мог распускаться без воли на то его членов, отдалил от себя высокопоставленных католиков и разрешил арестовать архиепископа У. Лода. Карл I не смог предотвратить импичмент, суд и состоявшуюся 12 мая 1641 г. казнь графа Страффорда, лорда-наместника Ирландии, одного из ближайших и наиболее преданных своих сподвижников. В октябре 1641 г. католическое большинство Ирландии подняло восстание, сопровождавшееся истреблением протестантского населения.