В замысле церкви князя Александра Невского для Саратова (1814 г.), посвящённой памяти ополченцев в войне 1812 г., за основу взята композиция римского Пантеона (церковь Санта-Мария-делла-Ротонда), в которую были перенесены из катакомб мощи раннехристианских мучеников; с восточной стороны церковную площадь предполагалось оформить полукруглой колоннадой со статуями героев-ополченцев (к исполнению был принят более экономичный проект архитектора В.П. Стасова, не сохранился). Для подмосковной усадьбы Суханово Дж. А. Кваренги в 1812 г. выполнил проект усыпальницы в виде церкви-ротонды, совмещённой с трёхэтажным зданием больницы и богадельни (существующий храм спроектирован Доменико Жилярди). Дж. А. Кваренги похоронили на Волковском лютеранском кладбище; могила была обнаружена при участии археолога Александра Даниловича Грача в 1967 г., в канун 150-летия со дня смерти архитектора, в том же году останки перенесены в «Некрополь XVIII в.» (бывшее Лазаревское кладбище Александро-Невской лавры), где был поставлен памятник. Сын Дж. А. Кваренги Джулио выпустил два посмертных издания книги «Постройки и проекты» мастера («Fabbriche e disegni». 1821, 1843–1844 гг.) по примеру публикаций произведений А. Палладио, осуществлённых Оттавио Бертотти Скамоцци. Важной частью наследия Дж. А. Кваренги исследователи считают виртуозные живописные (акварель) и графические пейзажи (в том числе подробные виды памятников русской архитектуры). Многие рисунки Дж. А. Кваренги с видами древних сооружений Москвы и её окрестностей связаны с рукописным альбомом «Опыт о русских древностях в Москве» (Отдел письменных источников Исторического музея Москвы), текст которого убедительно атрибутировала А.Г. Борис архитектору Николаю Александровичу Львову; Никитина же доказала, что Дж. А. Кваренги выполнил рисунки для этого альбома, которые впоследствии были изъяты и в настоящее время хранятся в Государственном Эрмитаже, музее архитектуры имени Алексея Викторовича Щусева, Третьяковской галерее. Поскольку Дж. А. Кваренги преимущественно работал по императорским заказам, его произведения, в том числе несохранившиеся церковные памятники, имели статус образцовых и оказали значительное влияние на развитие архитектуры русского ампира, например, введение низких широких куполов, опирающихся на паруса и не имеющих световых отверстий, вследствие чего внутреннее пространство церкви оказывалось затемненным, что в то время считалось свойством древних русских храмов. Таким образом, в его работах (в церкви-мавзолее А.А. Безбородко в имении Стольное на Украине, в мавзолее А.Д. Ланского в Царском селе), как и в последующих ампирных памятниках, греческий внешний облик церкви, определявшийся ордерной классикой, оказывался в синтезе с «греческой» же, т.е. византийской, объёмной композицией всего здания. В храмах русского ампира эти эллинизирующие идеи поддерживались раннехристианскими аллюзиями, возникавшими вследствие подобия их архитектуры сакральным и мемориальным памятникам Древнего Рима христианской эры.