В XIX в. продолжались захоронения на кладбище возле Никольской церкви. В 1897–1901 гг. на средства крестьян окрестных деревень, Соловецкого монастыря и Архангельской епархии храм был вновь отремонтирован. В документах и сочинениях конца XIX – начала XX вв. содержатся сведения о почитании местными жителями Кассиана, считавшегося основателем Муезерского монастыря. В документе «Об исправлении Николаевской муезерской церкви. 1898-1901 гг.» впервые упоминаются мощи Кассиана: «На северной стороне от церкви в 25 саженях находится часовня, в коей погребен инок Кассиан, почитаемый окрестными жителями за праведного» (Государственный архив Архангельской области). В 1912 г. священник Г. Корельский писал о том, что в Никольскую церковь приходили из окрестных сёл на Богоявление, в день Святой Троицы, в неделю Всех святых; «кроме сих праздников многие дают обещание по разным случаям в жизни сходить к Троице на Муезеро свечу поставить и помолиться у гробницы преп. Кассиана». В 1911 г. в Муезерском монастыре побывал священник из города Кемь Василий Иванович Мелетиев, который описал достопримечательности упразднённой обители, в частности, могилу Кассиана, в письме от 26 сентября 1911 г. председателю Архангельского епархиального Церковно-археологического кабинета Иустину Михайловичу Сибирцеву: «В меньшей часовне у правой боковой стены находятся под спудом мощи св. подвижника Кассиана, основателя Муезерского монастыря. Место погребения св. подвижника теперь обозначено грубо сколоченными досками, наподобие ящика, имеющего с одной стороны большое отверстие. Вообще, это изделие столь топорно, примитивно и непривлекательно, что... совершенно не соответствует ни памяти св. подвижника, ни тому почитанию, которым он пользуется у окрестных жителей, которые, несмотря на то что заражены духом раскола, чтут усердно святого и приходят в старинную церковь» (Государственный архив Архангельской области). В.И. Мелетиев просил комитет содействовать поиску сведений о святом и образца для создания иконы Кассиана. Письмо было зачитано на заседании Архангельского Церковно-археологического кабинета в октябре 1911 г., было принято решение «выслать священнику Маслозерского прихода… Григорию Корельскому из средств комитета 25 рублей». Настоятелю Соловецкого монастыря направили письмо с просьбой прислать материалы о Кассиане (Государственный архив Архангельской области). В 1913 г. причт Маслозерского прихода сообщил епархиальному Церковно-археологическому кабинету, что «устроена гробница» Кассиана (Государственный архив Архангельской области, 1914 г.).