Первоначальные окна хорошо сохранились в алтаре и в восточных стенах боковых нефов. Они крупные (особенно выделяется среднее – более метра в ширину), имеют подковообразные арки и незначительно расширяются внутрь. В настоящее время церковь освещается 21 окном. Из декоративного убранства интерьера церкви сохранились рельефы на капителях первой с востока пары столбов и на импостах арки конхи. В этих рельефах, включающих сильно стилизованные изображения деревьев и орнамент в виде ланцеток, исследователи обнаруживают явное влияние искусства Сасанидов и находят ближайшие стилистические параллели в декоре приалтарных капителей Болнисского Сиона (478–493 гг.). Между VII и IX вв. церковь подверглась частичной переделке. В восточной части боковых нефов посредством перегородок были выделены прямоугольные помещения. В северном нефе, между двумя средними столбами и северной стеной, был устроен придел с маленькой апсидой с востока (ныне разрушена) и с отдельным перекрытием в виде купольного свода. В XV в. фасад всего здания, за исключением продольных стен среднего нефа над кровлями боковых нефов, был дополнительно облицован большими ровными плитами зеленовато-розового песчаника, характерного для храмов Бочорма и Ниноцминда. Вследствие этого значительно увеличилась толщина стен (до 2 м). На восточном фасаде был помещён высеченный почти во всю ширину среднего нефа большой рельефный крест. Работы коснулись также и перекрытия церкви. Упадок строительного искусства, вызванный нашествиями Тамерлана и характерный для грузинской архитектуры XV в., исследователи ощущают в сухом оформлении фасадного креста, а также в исполнении сводов боковых нефов: они имеют неровную поверхность, северный неф значительно ниже южного, что заметно и в наружном облике здания. Декоративное украшение храма (кивоты, устроенные в алтарных столбах, и киворий) исследователи относят к XVII в. В XVIII в. алтарь был переделан и придвинут к первой с востока паре колонн. В 1518 г. церковь была расписана (дата содержится во фрагментированной фресковой надписи, сделанной на тимпане западного входа). Исследователи отмечают, что по иконографии и стилю роспись близка к афонской живописи XVI в. На своде в медальонах изображены: в центре – Христос Пантократор, по бокам – Пресвятая Богородица и Иоанн Предтеча; на подпружных арках свода – пророки; в алтарной апсиде – Божья Матерь «Одигитрия»; на приалтарных устоях – «Благовещение», разделённое на две части; на продольных стенах – праздничные сцены (в верхнем регистре), чудеса Христовы (в среднем регистре), а также одиночные и парные фигуры святых (в нижнем регистре). На восточной грани второго с востока столба северного ряда сохранился портрет ктитора с венцом на голове, указывающего на модель церкви базиликального типа в руке. Его одежда украшена двумя вертикальными рядами крупных медальонов с изображениями двуглавых орлов – образом византийского императора, крайне редко встречающимся в грузинском искусстве. Портрет не имеет надписи, но исследователи с большой долей уверенности говорят, что это кахетинский царь Леван (1520–1574 гг.), делавший значительные пожертвования церквам и монастырям не только Кахети, но и всей Грузии, а также Святой земли и Афона. Выбор необычного места для ктиторского портрета исследователи объясняют статусом царя – он правил Кахети с 1518 г., когда была сделана роспись, но на царство был венчан лишь в 1520 г.