После возвращения на родину в 1883 г. был рукоположён во диакона и определён к церкви во имя великомученицы Варвары в районе Навтлуги (Тифлис). В том же году был рукоположён во иерея. В 1885–1887 гг. служил в церкви во имя Трёх святителей в городе Нуха Елисаветпольской губернии (ныне Шеки, Азербайджан), в 1888–1903 гг. – в больничной церкви архангела Михаила. Преподавал церковное пение и Закон Божий в тифлисских приходских и церковных школах и духовной семинарии, организовывал приходские училища. В 1913 г. создал общество грузинских певцов и певчих «Сантури» (груз. – «Гусли»), которое ставило своей целью возрождение грузинских певческих и песенных традиций. Сотрудничал с Комитетом по восстановлению грузинских церковных песнопений, вместе с братом Полиевктом и учениками своего отца священниками Александром Молодинашвили и Григорием Мгебришвили принял участие в нотировании карталино-кахетинских песнопений (в 1897–1899 гг. вышли в свет сборники «Литургия св. Иоанна Златоуста», «Вечерня», «Утреня»). Значительная часть записей была произведена на личные средства епископа Горийского Александра (Окроперидзе). Впоследствии священник Василий продолжил запись церковных песнопений: в его архиве, который находится в Национальном центре рукописей Грузии, хранится до 2 тыс. листов нотных рукописей. Ему также принадлежат письма о церковном исполнительском искусстве и о древнегрузинской музыкальной письменности. Священник Василий активно включился в работу Общества по распространению грамотности среди грузин с момента его образования (1879 г.) и тифлисского Церковного музея (основан в 1888 г.). Занимался поиском утраченных из грузинских церквей и монастырей святынь, исторических документов и гуджаров (грамот); описал многие хранившиеся в музее книги и церковную утварь, изучил древние грузинские архитектурные памятники (в том числе не действующие и разрушенные). За плодотворную деятельность на этом поприще 19 мая 1899 г. был избран членом-корреспондентом Московского археологического общества. Священник Василий участвовал в движении автокефалистов, выступал против империалистической и антинациональной политики, проводившейся как государственными чиновниками, так и церковными иерархами. В 1903 г. вместе с семьёй был сослан в город Шемаху Бакинской губернии (ныне на территории Азербайджана), где на него было совершено покушение, и он был тяжело ранен. По ходатайству грузинских светских и церковных деятелей раненому священнику разрешили вернуться в Грузию. В 1904–1905 гг. служил в церкви в честь Успения Пресвятой Богородицы в городе Гори, в 1905–1916 гг. – в тифлисской церкви Святой Троицы, с 1916 г. – вновь в церкви великомученицы Варвары. Продолжил борьбу за восстановление автокефалии ГПЦ. Вместе с братом протоиереем Полиевктом 12 марта 1917 г. принял участие в Соборе духовенства всей Грузии, который состоялся в мцхетском кафедральном патриаршем соборе Светицховели, на котором была провозглашена автокефалия ГПЦ. Священник Василий и протоиерей Полиевкт были избраны членами Временного управления ГПЦ, которое должно было разработать Положение об управлении ГПЦ и необходимую для передачи во Временное правительство документацию, подготовить грузинский архиерейский Собор, на котором был бы подтверждён акт восстановления автокефалии ГПЦ и избран католикос-патриарх всей Грузии (первый поместный Собор ГПЦ состоялся 8–17 сентября 1917 г. в Тифлисе).