В 1566 г. участвовал в комиссии по изданию «Декрета Грациана», в 1569 г. – в комиссии по подготовке издания «Вульгаты», в 1580 г. – в комиссии по переводу «Септуагинты», в 1583 г. – в комиссии по изданию деяний Соборов. В 1586 г., после смерти кардинала Гульельмо Сирлето, Антонио Карафа был назначен библиотекарем Римской церкви. В том же году стал префектом Конгрегации Собора и возглавил созданную папой Сикстом V библейскую комиссию для подготовки критического издания Священного Писания. В 1587 г. под руководством Антонио Карафы комиссия выпустила римское издание «Септуагинты» на основе Ватиканского кодекса. В 1588 г. был подготовлен к изданию текст «Вульгаты», однако папа Сикст V выразил несогласие по поводу изменения многих устоявшихся латинских форм и распорядился подготовить новый текст без учёта наработок комиссии. Недовольство Антонио Карафы, которое перешло в открытое столкновение с папой, привело к его отстранению от руководства комиссией, которую возглавил сам папа Сикст V. Папа назначил своими помощниками иезуита Франциско де Толедо Эрреру и руководителя папской типографии августинца А. Рокку. 1 марта 1590 г. буллой «Aeternus ille celestium» папа утвердил подготовленный новой комиссией текст «Вульгаты» (так называемая Сикстинская Библия, или Sixtina), однако это издание было встречено негативно из-за параллельного текста с исправлениями («Corrigenda»). После смерти папы Сикста V (ум. 27 августа 1590 г.) Антонио Карафа смог добиться остановки печати «Сикстинской Библии» и изъятия опубликованных экземпляров. В феврале 1591 г. папа Римский Григорий XIV (1590–1591 гг.) создал новую комиссию по изданию «Вульгаты» во главе с кардиналом Марко Антонио Колонной. 9 ноября 1592 г. буллой папы Римского Климента VIII (1592–1605 гг.) «Cum sacrorum Bibliorum vulgatae editionis» был представлен подготовленный текст «Вульгаты» (так называемая Клементинская Библия, или Clementina), при работе над которым были учтены труды комиссии под руководством Антонио Карафы. Стараниями Антонио Карафы также были собраны и изданы три тома папских посланий. Антонио Карафа принимал участие в деятельности, связанной с Восточными католическими церквами; активно участвовал в созданной папой Григорием XIII в 1573 г. Конгрегации по делам греков (Congregatio de rebus grecorum), был кардиналом-протектором Халдейской католической церкви, а также кардиналом-протектором Маронитской коллегии в Риме. В 1578 и 1580 гг. Антонио Карафа направил две инструкции иезуитам, работавшим среди маронитов в Османской империи (на территории современного Ливана), с указаниями сочетать католическое вероучение с местными традициями. Антонио Карафа также занимался вопросами, связанными с миссионерским служением на открытых европейцами землях Нового Света. Он автор официального ответа, составленного от имени папы Григория XIII, на послание провинциального синода в Лиме (1582 г.) под руководством архиепископа Лимы Торибио Альфонсо де Могровехо-и-Робледо (впоследствии канонизирован Римско-католической церковью). На синоде были рассмотрены вопросы о евангелизации индейцев и издании католических катехизисов на языках народов Африки (для рабов), а также на языках кечуа и аймара. Антонио Карафа похоронен у главного алтаря церкви св. Сильвестра на Квиринале. Согласно завещанию, всё его имущество было передано Маронитской коллегии в Риме.